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Linux操作系统属于开源系统、Windows操作系统不属于开源系统；Linux操作系统需要非常强的命令执行，操作繁杂；Windows操作系统的易用性和简单操作明显强于Linux系统。Linux操作系统的安全问题很多，由于Linux系统是开源的，大规模使用，病毒制造者更容易开发Linux的病毒软件，危险性很高。Linux系统速度比Windows系统速度快，大部分软件都只能够在Windows系统运行而已，不过目前能够与Linux兼容的软件还处于开发中。
所周知，目前计算机操作系统最主流的有Windows、Unix、Linux、Mac操作系统。当然Windows操作系统是全世界最火热的一个操作系统，可以说全天下大部分使用的操作系统都是Windows。而Mac操作系统则占5%的比例，Linux操作系统占1%，剩下几乎就是Windows系统所占的比例了。目前国产的linux操作系统有很多，基本上都是基于国产的操作习惯来的，在视窗和操作上与windows已经在看齐了，大家的操作习惯不会改变太多。常见的软件基本上都有，以深度Linux系统为例，集成了Chrome浏览器、Office办公套装、搜狗输入法、深度视频、深度音乐，还提供了QQ等一系列工具下载。任何操作系统的发展都有一个过程，用的人多了，自然就会有软件厂商来开发应用，相当初苹果的MacOSX在国内没有流行起来时，谁会理他？但经过这些年，基本上windows上有的，MacOSX上也都有了，所以说在解决了常用软件的基础上，只要用户多了，这些应用生态就丰富了。当然现在还有一个大问题是，当windows和国产linux都摆在你面前时，你会怎么选的问题，我相信大部分人还是会选择windows，所以这次先从政府强制开始，再慢慢扩散至个人用户，再慢慢再动全社会，这是一个过程。
Linux是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统，它主要用于基于Intel x86系列CPU的计算机上。其目的是建立不受任何商品化软件的版权制约的、全世界都能自由使用的Unix兼容产品。Linux最早由一位名叫Linus Torvalds的计算机爱好者开发，他的目的是设计一个代替Minix的操作系统，这个操作系统可用于386、486或奔腾处理器的个人计算机上，并且具有Unix操作系统的全部功能。Linux以它的高效性和灵活性著称。它能够在个人计算机上实现全部的Unix特性，具有多任务、多用户的能力。Linux可在GNU（“不是UNIX”工程的缩写）公共许可权限下免费获得，是一个符合POSIX标准的操作系统。Linux操作系统软件包不仅包括完整的Linux操作系统，而且还包括了文本编辑器、高级语言编译器等应用软件。它还包括带有多个窗口管理器的X-Windows图形用户界面，如同我们使用Windows NT一样，允许我们使用窗口、图标和菜单对系统进行操作。
在桌面操作系统中，Linux可能还没有一个像样的市场份额，但是他在超级计算机领域，在高排名的前500台机器中就占据了498台，可谓独领风骚。Linux统治超级计算机 Top500几乎全部运行Linux，99%以上的世界上最快的500强超级计算机运行的是Linux。和去年一样，500强超级计算机上有498台运行Linux，剩下的两台运行的是Unix。这个信息是由一家独立机构Top500发布的，他们每半年就会发布最快的超级计算机的前500强。主要信息包括使用的OS类型，品牌等。2017年6月新公布的Top 500超级计算机的排名前十。
Linux统治超级计算机因为他的开源，20年前，超级计算机主要运行的是Unix。但是最终，Linux后来居上，并成为了超级计算机的选择操作系统。如此增长的主要原因是Linux开源的本质。超级计算机为了特殊的目的由特定设备组装而成。这就需要一个可定制的操作系统来优化具体的需求。Unix，作为一个毕源和私有的操作系统，它的定制化需要昂贵的花费。而另一方面，Linux是免费的而且很易于定制化。工程师团队很容易就可以基于Linux来为超级计算机来定制化。值得一提的是，中国的超级计算机已经连续四年都占据了第一名的宝座。中国的超级计算机发展在这几年势头很好，也是得力于国家的大力支持。这是Linux的伟大成就，同时也是我们中国值得炫耀的资本之一。