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一、技术区别
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java是纯面向对象开发，功能强大，分支众多，没有java不能做的软件。C/S也好B/S也好。从功能上讲，没有语言可以和java相比。但其优势也是其劣势。
PHP吸收了java和c以及perl等语言优点，专注互联网领域。在WEB领域中PHP拥有得天独厚的优势，WEB领域没有语言可以和PHP相比。
二、数据库访问区别
Java通过JDBC来访问数据库，通过不同的数据库厂商提供的数据库驱动方便地访问数据库。访问数据库的接口比较统一。
PHP对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，所以数据库访问代码的通用性不强。例如：用Java开发的Web应用从MySQL数据库转到Oracle数据库只需要做很少的修改。而PHP则需要做大量的修改工作。
三、安全性区别
在同是开源和跨平台的java面前，php丢掉了很多的优势，在代码的安全性上尤为突出。
php的开发程序在别人拿到代码后，可以很容易地进行修改。而java开发的程序由于无法看到完整的源代码，只能看到一些编译好的类文件，所以安全性较高。
四、开发成本比较
PHP在互联网应用诸多方面都强于Java，那么Java开发出的电子商务产品何以与PHP产品竞争呢?这在于Java阵营普遍走的是政府路线，
而PHP阵营走的是全民路线。Java在互联网方面靠的是大学老师的言传身教，才得以在互联网世界狺狺狂啸，而PHP是靠得是自身品质而得民心，所以才一路赞歌。
软件价格的高低很大程度上和自身成本和功能相挂钩。PHP的入门门槛较低，但是任何方面成为高手，都是万里挑一。绝大多数学过c的程序员都很容易转型为PHP程序员，这使得PHP程序员如同国球一样普及，同样更是高手如云，高质量的PHP软件产品也层出不穷。
服务器成本方面，PHP最经典的组合PHP+ MySQL + Apache，Java也是经常与MySQL +
Tomcat、JBoss等软件配合。所有软件都是开源免费的，所以服务器端的投入都并不高。
而Java程序员的学习成
本却是PHP成本的几倍，原因也很晴朗，本身Java就不是专门给WEB开发用的。所以，Java开发电子商务的成本要远远高于PHP开发出来的同类软件
产品。但也正由于Java开发的成本较高，所以往往也是做一个同样的产品，达到同样的效果，Java需要付出比PHP开发多出N倍的时间及经济成本。直接地造成了巨大的时间及成本浪费。
统一的数据访问接口PDO
PDO（PHP Data Objects） 扩展为 PHP 访问数据库定义了一个轻量级的、一致性的接口，它提供了一个数据访问抽象层，这样，无论使用什么数据库，用户都可以通过统一的函数执行来查询和获取数据。注意，你并不能使用 PDO 扩展本身执行任何数据库操作，必须使用一个 database-specific PDO driver （针对特定数据库的 PDO 驱动）访问数据库服务器。
由于各公司的支付接口虽说理论的架构相似，但是运用的技术还是不同的。不能混用的。统一的支付接口，这个是不可能的。
一般大型的网店系统的接口部分的代码也都是根据CASE语句判断后，函数跳转到相应的公司的支付接口部分。因此如果你要做统一的话，只能是把你说的这些接口分开放置在不同的文件夹下面，之后判断调用。
例如：网银的接口一个文件夹、财付通的一个文件夹、支付宝的一个文件夹。