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以下从技术角度就常见的保护措施 和常用工具来看看如何有效保护java代码：1. 将java包装成exe 特点：将jar包装成可执行文件，便于使用，但对java程序没有任何保护。不要以为生成了exe就和普通可执行文件效果一样了。这些包装成exe的程序运行时都会将jar文件释放到临时目录，很容易获取。常用的工具有exe4j、jsmooth、NativeJ等等。jsmooth生成的exe运行时临时目录在exe所在目录中或是用户临时目录 中；exe4j生成的exe运行时临时目录在用户临时目录中；NativeJ生成的exe直接用winrar打开，然后用zip格式修复成一个jar文件，就得到了原文件。如果只是为了使用和发布方便，不需要保护java代码，使用这些工具是很好的选择。2. java混淆器特点：使用一种或多种处理方式将class文件、java源代码进行混淆处理后生成新的class，使混淆后的代码不易被反编译，而反编译后的代码难以阅 读和理解。这类混淆器工具很多，而且也很有成效。缺点：虽然混淆的代码反编译后不易读懂，但对于有经验的人或是多花些时间，还是能找到或计算出你代码中隐藏的敏感内容，而且在很多应用中不是全部代码都能混淆的，往往一些关键的库、类名、方法名、变量名等因使用要求的限制反而还不能混淆。3. 隔离java程序到服务端特点：把java程序放到服务端，让用户不能访问到class文件和相关配套文件，客户端只通过接口访问。这种方式在客户/服务模式的应用中能较好地保护java代码。缺点是：必须是客户/服务模式，这种特点限制了此种方式的使用范围；客户端因为逻辑的暴露始终是较为薄弱的环节，所以访问接口时一般都需要安全性认证。4. java加密保护特点：自定义ClassLoader，将class文件和相关文件加密，运行时由此ClassLoader解密相关文件并装载类，要起到保护作用必须自定 义本地代码执行器将自定义ClassLoader和加密解密的相关类和配套文件也保护起来。此种方式能很有效地保护java代码。缺点：可以通过替换JRE包中与类装载相关的java类或虚拟机动态库截获java字节码。 jar2exe属于这类工具。5. 提前编译技术(AOT) 特点：将java代码静态编译成本地机器码，脱离通用JRE。此种方式能够非常有效地保护java代码，且程序启动比通用JVM快一点。具有代表性的是GNU的gcj，可以做到对java代码完全提前编译，但gcj存在诸多局限性，如：对JRE 5不能完整支持、不支持JRE 6及以后的版本。由于java平台的复杂性，做到能及时支持最新java版本和JRE的完全提前编译是非常困难的，所以这类工具往往采取灵活方式，该用即时编译的地方还是 要用，成为提前编译和即时编译的混合体。缺点：由于与通用JRE的差异和java运用中的复杂性，并非java程序中的所有jar都能得到完全的保护；只能使用此种工具提供的一个运行环境，如果工具更新滞后或你需要特定版本的JRE，有可能得不到此种工具的支持。 Excelsior JET属于这类工具。6. 使用jni方式保护特点：将敏感的方法和数据通过jni方式处理。此种方式和“隔离java程序到服务端”有些类似，可以看作把需要保护的代码和数据“隔离”到动态库中，不同的是可以在单机程序中运用。缺点和上述“隔离java程序到服务端”类似。7. 不脱离JRE的综合方式保护特点：非提前编译，不脱离JRE，采用多种软保护方式，从多方面防止java程序被窃取。此种方式由于采取了多种保护措施，比如自定义执行器和装载器、加密、JNI、安全性检测、生成可执行文件等等，使保护力度大大增强，同样能够非常有效地保护java代码。缺点：由于jar文件存在方式的改变和java运用中的复杂性，并非java程序中的所有jar都能得到完全的保护；很有可能并不支持所有的JRE版本。 JXMaker属于此类工具。8. 用加密锁硬件保护特点：使用与硬件相关的专用程序将java虚拟机启动程序加壳，将虚拟机配套文件和java程序加密，启动的是加壳程序，由加壳程序建立一个与硬件相关的 受保护的运行环境，为了加强安全性可以和加密锁内植入的程序互动。此种方式与以上“不脱离JRE的综合方式保护”相似，只是使用了专用硬件设备，也能很好地保护java代码。缺点：有人认为加密锁用户使用上不太方便，且每个安装需要附带一个。从以上描述中我们可以看出：1. 各种保护方式都有其优缺点，应根据实际选用2. 要更好地保护java代码应该使用综合的保护措施3. 单机环境中要真正有效保护java代码，必须要有本地代码程序配合当然，安全都是相对的，一方面看你的保护措施和使用的工具能达到的程度，一方面看黑客的意愿和能力，不能只从技术上保护知识产权。总之，在java 代码保护方面可以采取各种可能的方式，不可拘泥于那些条条框框。
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程序加密？你说的是代码加密还是数据加密。我都说一下吧。
Java代码加密：
这点因为Java是开源的，想达到完全加密，基本是不可能的，因为在反编译的时候，虽然反编译回来的时候可能不是您原来的代码，但是意思是接近的，所以是不行的。
那么怎么增加反编译的难度（阅读难度），那么可以采用多层继承（实现）方式来解决，这样即使反编译出来的代码，可读性太差，复用性太差了。
Java数据加密：
我们一般用校验性加密，常用的是MD5，优点是速度快，数据占用空间小。缺点是不可逆，所以我们一般用来校验数据有没有被改动等。
需要可逆，可以选用base64，Unicode，缺点是没有密钥，安全性不高。
而我们需要可逆而且采用安全的方式是：对称加密和非堆成加密，我们常用的有AES、DES等单密钥和双密钥的方式。而且是各种语言通用的。
全部手动敲字，望采纳，下面是我用Javascript方式做的一系列在线加密/解密工具：
这个问题就需要来谈谈壳的架构问题了。
壳的三大架构
1.最早的壳几乎都是virus演化来的，大部分都是汇编直接写的。
好处就是直接可以把汇编代码复制出来当作壳的loader代码添加（感染）到程序上
知名的比如aspack，upx，telock，PESpin
2.随着对于反调试要求越来越高，功能越来越多，代码一多就难以维护。
于是诞生了新的壳架构，功能采用DLL开发，使用loader来加载
这里有两个变种：
ShellCode Loader + DLL ASProtect。Themida，ACProtect等等你所熟悉的加密壳绝大部分都是这样的架构
memory loader + DLL bigfoot为代表的bambam，ZProtect，eXPressor，npack，ChinaProtect等等
这种架构简单，好维护，更好调试。其实许多其他壳或多或少的都使用这两种架构
3.对于一些纯VM的保护壳，由于没有固定代码（VMProtect等）
所以对于这样的需求首先你需要一个codegen（这个东东将陪伴你写壳的一生）
而且对于codegen其实完全可以构造一个完整的壳代码（调试比较麻烦）
不管什么语言开发的加壳软件最终都要回到opcode操作上，而对于opcode其实用神马语言都差不多
这三种架构介绍完了。那么谈谈java写壳的问题吧
其实可以简单的从语言优势上来解答：
如果说开发第三种壳用啥其实都差不多，Java和C#说不定更有优势。
上面我们说到codegen的问题，真正不适合开发的地方其实主要是在各种地址转换上面，
反汇编引擎反汇编的都是opcode结构，然后再将这些opcode串联起来构造出AST，省下的就是mutation，vm，还是其他等等操作了，
如果单纯为了解决opcode---AST(Abstract Syntax Tree抽象语法树)解决了地址转换这个问题的话其实汇编,C\C++还是Java都差不多。
反而由于Java和C#这些语言有很好的容器可以更好的来控制对象
opcode生成其实也不是难事，这些用Java还是C++其实都差不多。
真正的难点就在于上面所说的壳Loader的开发上，不管是汇编,C\C++,Delphi(不管在国内外特别是国外其实许多壳都是Delphi开发的)
都可以直接开发DLL，直接拿来变形后塞进原始程序当作壳的Loader Main部分。
而Java就只能从codegen来构造壳代码了。。。
这是一件很痛苦的事情（相信我~如果你用过Java写过c语言编译器-带连接器的那种你就会明白痛苦了）
综上所述~介于楼主的语言选择问题，估计多数是只会Java，或者需要在web层调用。
那么最好的办法还是壳主体ASM,C\C++来开发，然后开发成命令行版本，然后Java调用这个模块。
架构就这样了，剩下的就是动手操作了