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你是不是用的Visual Studio来开发的？如果是，这样操作：打开 项目 菜单 中的 XXX属性，在弹出的属性页选择最上面那个 应用程序 标签，里面有个启动窗体，你选择一下就可以了。
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如果你不是用的visual Studio来开发的，那么可以考虑把另外一个窗口的visible属性先设置为false或者把你要显示的窗口改为对话框的形式，大小比另外一个窗口大一点或者一样（即 模态窗口，必须关闭才能继续操作），这样都可以实现你要的效果。
简单的说，模态窗体就是当这个窗体弹出后，只能在这个窗体上操作，只有关闭了这个窗体后才能在其他窗体上操作。
用ShowDialog()打开窗体，对话框用msgBox()或者MessageBox()都是模式的。
VB用Show方法显示窗体时使用style属性为1，就可使显示的窗体以模式窗体显示。 Show 方法，用以显示 MDIForm 或 Form 对象。不支持命名参数。 说明 如果调用 Show 方法时指定的窗体没有装载，Visual Basic 将自动装载该窗体。
这是一个关于模态窗口与非模态窗口的问题。
实现非模态窗口也没什么难度
Dim form As New Form1
form.TopMost = True
form.Show()
你再将鼠标移到父窗口上，弹出的窗口也不会消失。
如果我没理解错：
Form1(下窗体) Form2(上窗体)
且已在Form1中声明了Form2
那不直接就可以在Form2中控制Form1的控件的值咯？
哦，明白了！
你是想不动Form2找到值后就高亮显示出来查询结果？
那还不简单，在Form2里边加上me.Topmast=True让Form2位于顶层
前提是你的Form1里的文本控件可实现选择效果，如RichTextBox，
在Form2中找到结果后写入 Form1.RichTextBox1.Select( start , Length)，选则结果文本就可以高亮了，这样就实现了Form2 不关闭，且Form1 显示结果。