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现在建议不要使用showModalDialog和showModelessDialog，这个只在IE中才有效，兼容性很不好，建议使用open方法，可参考我的博客
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你首先要检查你的CSS代码，因为模态窗口主要是需要写好兼容的CSS代码段儿。还有你的模态窗口初始化是否做了什么特殊的处理，你可以先将这些处理注释掉，然后试试看空的窗口显示是否正常，一次来判断js代码是否存在效率或是不兼容的问题。
最好不要用
Response.Write("script type='text/javascript'window.showModalDialog('ModeDialog.aspx','','dialogWidth=300px;dialogHeight=400px;resizable:yes');/script");
因为Response.Write输出来的会破坏页面，如果你要是想实现那个效果用这个：
this.Page.ClientScript.RegisterStartupScript("typeof(string)","","脚本",true);
INPUT TYPE="button" value="Display Modeless Dialog" [i]onclick[/i]="callDialog()"
变成
INPUT TYPE="button" value="Display Modeless Dialog" onclick="callDialog()"
加了[i] 找不到click方法了
按理论应该是打开模态窗口后，两首音乐都在播放，不存在这个放那个不放的问题。按下面改。
embed
id="mp"
src="1.mp3"
hidden=false
loop=true
input
type="button"
value="New"
onclick="showd()"
script
function
showd()
{
mp.pause();
window.showModalDialog('1.html','','dialogWidth:200px;dialogHeight:100px;help:no;Scroll=no;status=no;center=yes')
mp.Play();
}
/script
模态窗口打开前暂停原背景音乐，关闭后继续。
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我用了七种浏览器一一测试，结果如下：
IE7,IE8（TT,360,马桶其实国内的浏览器都是IE内核）一切正常。
Opera
不支持showModalDialog不说了。
FF
需要安装Quick
Time
Player插件才可播放，但这个插件又不支持pause或PLAY方法，所以也失败。
Safari和chrome也是一个内核，测试结果它们不认
embed
标签。
哈哈，很郁闷吧，还是微软强大，让那些整天骂微软IE不标准，整天为其它浏览器叫屈的人见鬼去吧，虽然IE“不标准”，但IE有太多其它浏览器没有的功能了，楼主想好好实现统一标准的媒体播放，还是等HTML5标准下来再说吧，呵呵，题外话。
我这里测试360，TT，IE7,IE8都可以正常播放，楼主不能放可能你的“模态窗口用HTML和VBScript（抄的）”有问题吧。
你可以咋点击SubmitForm方法里面调起模态框，然后模态框里面的两个按钮定义两个方法，一个确认一个取消，然后在确认方法里面取提交你的form；
或者在模态框上定义一个方法，通过传参去判断是确认还是取消，然后在确认方法里面取提交你的form；