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在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
高通量数据分析过程中涉及的中间文件，在存储量允许的前提下，可以将其暂存备查。通常可以将这些文件归档或压缩后保存，并打上日期标签，长时间未使用的非重要数据可考虑删除以腾出存储空间。在此总结Linux系统常用的归档与压缩指令。
归档 即将多个文件（目录）打包为一个文件，但并不对文件进行压缩。
从归档文件中提取指定文件
从压缩文件中提取指定文件
参考：
1. Linux tar 命令
2. 如何从一个tar包中或者tar.gz包中提取某个文件
Linux下常用文本处理命令大全
Linux下面有很多经典的非常有用的命令，其中处理文本的命令就有很多。下面就让我们一起看看这些经典的Linux文本处理命令有哪些吧。
一. sort
文件排序, 通常用在管道中当过滤器来使用. 这个命令可以依据指定的关键字或指定的字符位置, 对文件行进行排序. 使用-m选项, 它将会合并预排序的输入文件. 想了解这个命令的全部参数请参考这个命令的info页.
二. tsort
拓扑排序, 读取以空格分隔的有序对, 并且依靠输入模式进行排序.
三. uniq
这个过滤器将会删除一个已排序文件中的重复行. 这个命令经常出现在sort命令的管道后边.
四. expand, unexpand
expand命令将会把每个tab转化为一个空格. 这个命令经常用在管道中.
unexpand命令将会把每个空格转化为一个tab. 效果与expand命令相反.
五. cut
一个从文件中提取特定域的工具. 这个命令与awk中使用的print $N命令很相似, 但是更受限. 在脚本中使用cut命令会比使用awk命令来得容易一些. 最重要的选项就是-d(字段定界符)和-f(域分隔符)选项.
六. paste
将多个文件, 以每个文件一列的形式合并到一个文件中, 合并后文件中的每一列就是原来的一个文件. 与cut结合使用, 经常用于创建系统log文件.
七. join
这个命令与paste命令属于同类命令. 但是它能够完成某些特殊的目地. 这个强力工具能够以一种特殊的形式来合并两个文件, 这种特殊的形式本质上就是一个关联数据库的简单版本.
join命令只能够操作两个文件. 它可以将那些具有特定标记域(通常是一个数字标签)的行合并起来, 并且将结果输出到stdout. 被加入的文件应该事先根据标记域进行排序以便于能够正确的匹配.
八. head
把文件的头部内容打印到stdout上(默认为10行, 可以自己修改). 这个命令有一些比较有趣的选项.
九. tail
将一个文件结尾部分的内容输出到stdout中(默认为10行). 通常用来跟踪一个系统logfile的.修改情况, 如果使用-f选项的话, 这个命令将会继续显示添加到文件中的行.
十. wc
wc可以统计文件或I/O流中的”单词数量”:
十一. fold
将输入按照指定宽度进行折行. 这里有一个非常有用的选项-s, 这个选项可以使用空格进行断行(译者: 事实上只有外文才需要使用空格断行, 中文是不需要的)(请参考例子 12-23和例子 A-1).
十二. fmt
一个简单的文件格式器, 通常用在管道中, 将一个比较长的文本行输出进行”折行”.
十三. col
这个命令用来滤除标准输入的反向换行符号. 这个工具还可以将空白用等价的tab来替换. col工具最主要的应用还是从特定的文本处理工具中过滤输出, 比如groff和tbl. (译者: 主要用来将man页转化为文本.)
十四. column
列格式化工具. 通过在合适的位置插入tab, 这个过滤工具会将列类型的文本转化为”易于打印”的表格式进行输出.
十五. colrm
列删除过滤器. 这个工具将会从文件中删除指定的列(列中的字符串)并且写到文件中, 如果指定的列不存在, 那么就回到stdout. colrm 2 4 filename将会删除filename文件中每行的第2到第4列之间的所有字符. p="" /filename将会删除filename文件中每行的第2到第4列之间的所有字符.
Caution: 如果这个文件包含tab和不可打印字符, 那将会引起不可预期的行为. 在这种情况下, 应该通过管道的手段使用expand和unexpand来预处理colrm.
十六. nl
计算行号过滤器. nl filename将会把filename文件的所有内容都输出到stdout上, 但是会在每个非空行的前面加上连续的行号. 如果没有filename参数, 那么就操作stdin.
nl命令的输出与cat -n非常相似, 然而, 默认情况下nl不会列出空行.
十七. pr
格式化打印过滤器. 这个命令会将文件(或stdout)分页, 将它们分成合适的小块以便于硬拷贝打印或者在屏幕上浏览. 使用这个命令的不同的参数可以完成好多任务, 比如对行和列的操作, 加入行, 设置页边, 计算行号, 添加页眉, 合并文件等等. pr命令集合了许多命令的功能, 比如nl, paste, fold, column, 和expand.
pr -o 5 –width=65 fileZZZ | more 这个命令对fileZZZ进行了比较好的分页, 并且打印到屏幕上. 文件的缩进被设置为5, 总宽度设置为65.
一个非常有用的选项-d, 强制隔行打印(与sed -G效果相同).
十八. gettext
GNU gettext包是专门用来将程序的输出翻译或者本地化为不同国家语言的工具集. 在最开始的时候仅仅支持C语言, 现在已经支持了相当数量的其它程序语言和脚本语言.
想要查看gettext程序如何在shell脚本中使用. 请参考info页.
十九. msgfmt
一个产生二进制消息目录的程序. 这个命令主要用来本地化.
二十. iconv
一个可以将文件转化为不同编码格式(字符集)的工具. 这个命令主要用来本地化.
二十一. recode
可以认为这个命令是上边iconv命令的专业版本. 这个非常灵活的并可以把整个文件都转换为不同编码格式的工具并不是Linux标准安装的一部分.
二十二. TeX, gs
TeX和Postscript都是文本标记语言, 用来对打印和格式化的视频显示进行预拷贝.
TeX是Donald Knuth精心制作的排版系统. 通常情况下, 通过编写脚本的手段来把所有的选项和参数封装起来一起传到标记语言中是一件很方便的事情.
linux 常用命令有：
pwd 命令
使用 pwd 命令找出您所在的当前工作目录（文件夹）的路径。该命令将返回一个绝对（完整）路径，该路径基本上是所有以 / 开头的目录的路径。绝对路径的一个示例是 /home/username。
cd 命令
要浏览 Linux 文件和目录，请使用 cd 命令。根据您所在的当前工作目录，它需要目录的完整路径或名称。假设您位于 /home/username / Documents 中，并且想要转到 Documents 的子目录 Photos。为此，只需键入以下命令：cd Photos。另一种情况是，如果您想切换到一个全新的目录，例如 /home/username / Movies。在这种情况下，您必须输入 cd，然后输入目录的绝对路径：cd /home/username / Movies。有一些快捷方式可帮助您快速导航：cd ..（带有两个点）将一个目录向上移动 cd 直接转到主文件夹 cd-（带连字符）移动到上一个目录附带说明一下，Linux 的 shell 是区分大小写的。因此，您必须准确输入名称的目录。
ls 命令
LS 命令用于查看目录的内容。默认情况下，此命令将显示当前工作目录的内容。如果要查看其他目录的内容，请键入 ls，然后键入目录的路径。例如，输入 LS / 家 / 用户名 / 文档查看的内容的文件。您可以使用 ls 命令使用以下变体：ls -R 还将列出子目录中的所有文件 ls -a 将显示隐藏的文件 ls -al 将列出文件和目录以及详细信息，例如权限，大小，所有者等。
cat 命令
cat（连接的缩写）是 Linux 中最常用的命令之一。它用于在标准输出（sdout）上列出文件的内容。要运行此命令，请键入 cat，然后输入文件名及其扩展名。例如：cat file.txt。以下是使用 cat 命令的其他方法：cat filename 创建一个新文件 cat filename1 filename2 filename3 连接两个文件（1 和 2），并将它们的输出存储在新文件中（3）将文件转换为大写或小写使用，cat filename | tr a-z A-Z output.txt
cp 命令
使用 cp 命令将文件从当前目录复制到另一个目录。例如，命令 cp scenery.jpg/home /username/ Pictures 将在您的 Pictures 目录中创建一个 Scene.jpg 副本（来自当前目录）。
mv 命令
mv 命令的主要用途是移动文件，尽管它也可以用于重命名文件。mv 中的参数类似于 cp 命令。您需要输入 mv，文件名和目标目录。例如：mv file.txt/home /username/ Documents。
mkdir 命令
使用 mkdir 命令创建一个新目录 - 如果键入 mkdir Music，它将创建一个名为 Music 的目录。还有一些额外的 mkdir 命令：要在另一个目录中生成新目录，请使用此 Linux 基本命令 mkdir Music / Newfile 使用 p（父级）选项在两个现有目录之间创建一个目录。例如，mkdir -p Music / 2022 / Newfile 将创建新的 “2022” 文件。
rmdir 命令
如果需要删除目录，请使用 rmdir 命令。但是，rmdir 仅允许您删除空目录。
rm 命令
该 RM 命令用于删除目录以及其中的内容。如果只想删除目录（作为 rmdir 的替代方法），请使用 rm -r。注意：使用此命令时要格外小心，并仔细检查您所在的目录。这将删除所有内容，并且没有撤消操作。
touch 命令
该触摸命令允许您创建通过 Linux 命令行新的空白文件。例如，输入 touch /home/username/Documents/Web.html 在 Documents 目录下创建一个名为 Web 的 HTML 文件。
locate 命令
您可以使用此命令来定位文件，就像 Windows 中的搜索命令一样。此外，将 - i 参数与该命令一起使用将使其不区分大小写，因此即使您不记得其确切名称，也可以搜索文件。要搜索包含两个或多个单词的文件，请使用星号（*）。例如，locate -i school * note 命令将搜索包含单词 “school” 和 “ note” 的任何文件，无论它是大写还是小写。
find 命令
在类似定位命令，使用 查找也搜索文件和目录。区别在于，您可以使用 find 命令在给定目录中查找文件。例如，find /home/-name notes.txt 命令将在主目录及其子目录中搜索名为 notes.txt 的文件。使用查找时的其他变化 是：要查找当前目录中使用的文件，请使用 find . -name notes.txt 要查找目录，请使用 /-type d -name notes. txt13. grep 命令无疑对日常使用很有帮助的另一个基本 Linux 命令是 grep。它使您可以搜索给定文件中的所有文本。为了说明这一点，grep blue notepad.txt 将在记事本文件中搜索单词 blue。包含搜索到的单词的行将被完整显示。
sudo 命令
该命令是 “SuperUser Do” 的缩写，使您能够执行需要管理或超级用户权限的任务。但是，建议不要将此命令用于日常使用，因为如果您做错了一些事情，很容易发生错误。
df 命令
使用 df 命令可获取有关系统磁盘空间使用情况的报告，以百分比和 KB 表示。如果要以兆字节为单位查看报告，请输入 df -m。
du 命令
如果要检查文件或目录占用了多少空间，答案是 du（磁盘使用情况）命令。但是，磁盘使用情况摘要将显示磁盘块号，而不是通常的大小格式。如果要以字节，千字节和兆字节为单位查看它，请在命令行中添加 - h 参数。
head 命令
所述头命令用于查看任何文本文件的第一行。默认情况下，它将显示前十行，但是您可以根据自己的喜好更改此数字。例如，如果只想显示前五行，则键入 head -n 5 filename.ext。
tail 命令
该命令与 head 命令具有相似的功能，但是 tail 命令将显示文本文件的最后十行，而不是显示第一行。例如，tail -n filename.ext。
diff 命令
diff 命令是差异的缩写，diff 命令逐行比较两个文件的内容。分析文件后，它将输出不匹配的行。程序员在需要进行程序更改时经常使用此命令，而不是重写整个源代码。此命令最简单的形式是 diff file1.ext file2.ext
tar 命令
该 tar 命令是最常用的命令归档多个文件到一个压缩包。类似于 zip 格式常见的 Linux 文件格式，压缩是可选的。该命令具有很长的功能列表，非常复杂，例如将新文件添加到现有档案中，列出档案内容，从档案中提取内容等等。查看一些实际示例，以了解有关其他功能的更多信息。
chmod 命令
chmod 是另一个 Linux 命令，用于更改文件和目录的读取，写入和执行权限。由于此命令相当复杂，因此您可以阅读完整的教程以正确执行它。
chown 命令
在 Linux 中，所有文件均归特定用户所有。该 CHOWN 命令使您可以更改或文件的所有权转让给指定的用户名。例如，chown linuxuser2 file.ext 将使 linuxuser2 成为 file.ext 的所有者。
Jobs 命令
jobs 命令将显示所有当前作业及其状态。作业基本上是由 Shell 启动的进程。
kill 命令
如果您的程序无响应，则可以使用 kill 命令手动终止它。它将向运行异常的应用发送特定信号，并指示该应用自行终止。您总共可以使用 64 个信号，但是人们通常只使用两个信号：SIGTERM（15） — 请求程序停止运行，并给它一些时间来保存其所有进度。如果在输入 kill 命令时未指定信号，则将使用此信号。SIGKILL（9） - 强制程序立即停止。未保存的进度将丢失。除了知道信号之外，您还需要知道要杀死的程序的进程标识号（PID）。如果您不知道 PID，只需运行命令 ps ux。在知道您要使用什么信号以及程序的 PID 之后，输入以下语法：kill [signal option] PID.
ping 命令
使用 ping 命令检查与服务器的连接状态。例如，只需输入 ping google.com，该命令将检查您是否能够连接到 Google 并测量响应时间。
wget 命令
Linux 命令行非常有用 - 您甚至可以在 wget 命令的帮助下从 Internet 下载文件。为此，只需键入 wget，然后输入下载链接即可。
uname 命令
该 UNAME 命令，短期对于 Unix 名，将打印您的 Linux 系统，如计算机名称的详细信息，操作系统，内核，等等。
top 命令
作为与 Windows 中的任务管理器等效的终端，top 命令将显示正在运行的进程的列表以及每个进程使用的 CPU 数量。监视系统资源使用情况非常有用，尤其是知道哪个进程由于消耗太多资源而需要终止时。
history 命令
当您使用 Linux 一段时间后，您会很快注意到每天可以运行数百个命令。因此，如果您想查看之前输入的命令，运行历史记录命令特别有用。
man 命令
对某些 Linux 命令的功能感到困惑吗？不用担心，您可以使用 man 命令从 Linux 的外壳程序中轻松地学习如何使用它们。例如，输入 man tail 将显示 tail 命令的手动指令。
echo 命令
此命令用于将一些数据移到文件中。例如，如果要将文本 “Hello，我的名字叫 John” 添加到名为 name.txt 的文件中，则可以键入 echo Hello, my name is John name.txt
zip，unzip 命令
使用 zip 命令将文件压缩到 zip 归档文件中，然后使用 unzip 命令从 zip 归档文件中提取压缩文件。
hostname 命令
如果您想知道主机 / 网络的名称，只需键入 hostname。在末尾添加 - I 将显示您的网络的 IP 地址。
useradd，userdel 命令
1. 例子
提取字符串以下字符串 error: 与 : 之间的子字符串。并消除空格。
"src/network/misc/nv_net_udp.c:17: fatal error: nv_net_tools.h: No such file or directory"1
2. 命令
echo "src/network/misc/nv_net_udp.c:17: fatal error: nv_net_tools.h: No such file or directory" | sed -r 's/.*error\:(.*)\:.*/\1/' | sed s/[[:space:]]//g1
该命令涉及 sed 命令的’反向引用’章节, \1 代表 (.*)
3. 结果
nv_net_tools.h1
4. 拓展 ： 解决编译错误
leon$ make clean make all arm-hisiv100nptl-linux-gcc -c -fPIC -Wall -g -ggdb -O0 -DHI3518_CHIP -DLINUX -I./src/include -I./src/include/common -I./src/include/camera -I./src/include/conf -I./src/include/log -I./src/include/network -I./src/include/upnp -I/home/leon/nvc/arm-hisiv100nptl-linux/include src/common/nv_conf.c -o build/objs/hi3518/src/common/nv_conf.o/*省略中间部分*/arm-hisiv100nptl-linux-gcc -c -fPIC -Wall -g -ggdb -O0 -DHI3518_CHIP -DLINUX -I./src/include -I./src/include/common -I./src/include/camera -I./src/include/conf -I./src/include/log -I./src/include/network -I./src/include/upnp -I/home/leon/nvc/arm-hisiv100nptl-linux/include src/network/misc/nv_net_udp.c -o build/objs/hi3518/src/network/misc/nv_net_udp.o
src/network/misc/nv_net_udp.c:17: fatal error: nv_net_tools.h: No such file or directory
compilation terminated.make: *** [build/objs/hi3518/src/network/misc/nv_net_udp.o] Error 112345678
note: 在以上编译过程中我们发现,编译器提示说找不到nv_net_tools.h文件，而现实中我们也不需要这个文件的包含了，需要删除包含nv_net_tools.h 文件中的该行代码。
5.字符串提取 (命令行)
目标字符串
"from":"0802070975","to":"0802071013","url":"","md5":"ace4b34383f964442a591559d0afb296","level":0 12
需要提取 from , to, url , md5, level 等5个关键字后面的内容。
//提取 from 内容echo
"from":"0802070975","to":"0802071013","url":"","md5":"ace4b34383f964442a591559d0afb296","level":0 | sed "s/.*from:\(.*\)/\1/" | cut -d ',' -f1
//提取 to 内容echo
"from":"0802070975","to":"0802071013","url":"","md5":"ace4b34383f964442a591559d0afb296","level":0 | sed "s/.*to:\(.*\)/\1/" | cut -d ',' -f1
//提取 url 内容echo
"from":"0802070975","to":"0802071013","url":"","md5":"ace4b34383f964442a591559d0afb296","level":0 | sed "s/.*url:\(.*\)/\1/" | cut -d ',' -f1
//提取 md5 内容echo
"from":"0802070975","to":"0802071013","url":"","md5":"ace4b34383f964442a591559d0afb296","level":0 | sed "s/.*md5:\(.*\)/\1/" | cut -d ',' -f1
//提取 level 内容echo
"from":"0802070975","to":"0802071013","url":"","md5":"ace4b34383f964442a591559d0afb296","level":0 | sed "s/.*level:\(.*\)/\1/" | cut -d ',' -f112345678910111213141516
6.字符串提取 (脚本文件)
ret_val="\"from\":\"0804020982\",\"to\":\"0804020998\",\"url\":\"\",\"md5\":\"408d261924e6c271200fdf14d3a230cc\",\"level\":0"
echo ret_val is : [ $ret_val ]from="$(echo $ret_val | sed 's/.*from\"\:\(.*\)/\1/' | cut -d ',' -f1 | sed 's/"//g')"
echo from: $from
to="$(echo $ret_val | sed 's/.*to\"\:\(.*\)/\1/' | cut -d ',' -f1 | sed 's/"//g')"
echo to: $to
url="$(echo $ret_val | sed 's/.*url\"\:\(.*\)/\1/' | cut -d ',' -f1 | sed 's/"//g')"
echo url: $url
md5="$(echo $ret_val | sed 's/.*md5\"\:\(.*\)/\1/' | cut -d ',' -f1 | sed 's/"//g')"
echo md5: $md5
level="$(echo $ret_val | sed 's/.*level\"\:\(.*\)/\1/' | cut -d ',' -f1 | sed 's/"//g')"
echo level: $level12345678910111213141516171819
执行结果：
ret_val is : [ "from":"0804020982","to":"0804020998","url":"","md5":"408d261924e6c271200fdf14d3a230cc","level":0 ]
from: 0804020982
to: 0804020998
url: : 408d261924e6c271200fdf14d3a230cc
level: 0
I.总结
要注意命令行执行，与脚本文件执行之间的差异性。