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在MinGW上下载siesta操作方法
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提取码：kii0
第一步获取源码
从Siesta官网下载最新版本的Siesta源码: 。或者使用命令行下载工具curl或者wget来下载:
wget -c -O ${HOME}/softwares/siesta-4.1-b4.tar.gz
第二步配置翻译并安装
进入代码根目录，下的Obj文件夹:
cd siesta-4.1-b4/Obj
然后执行以下命令:
bash ../Src/obj_setup.sh
这将在执行Siesta的一个脚本来在当前路径下产生构建配置文件，此时需要修改arch.make文件中的一些参数。
需要修改指定的变量如下:
.SUFFIXES:.SUFFIXES: .f .F .o .c .a .f90 .F90SIESTA_ARCH =x86_64-unknown-linux-gnu--unknownCC = gccFPP = $(FC) -E -P -x cFC = mpif90 #gfortran# FC_SERIAL = gfortranFFLAGS = -O2 -fPIC -ftree-vectorize# FFLAGS=-gAR = arRANLIB = ranlibSYS = nagSP_KIND = 4DP_KIND = 8KINDS = $(SP_KIND) $(DP_KIND)LDFLAGS =COMP_LIBS = libsiestaLAPACK.a libsiestaBLAS.aFPPFLAGS = $(DEFS_PREFIX)-DFC_HAVE_ABORT# Dependency rules ---------FFLAGS_DEBUG = -g -O # your appropriate flags here...# added by EmuLab# For GNU compiler# the siesta guide tell me to add the FFLAGS and LIBS parameter below, but it get thing wrong,# after comment them i succeeded in the compilation!# FFLAGS += -fopenmp# LIBS += -fopenmp# OpenBLAS + LAPACK:# OpenBLAS (OpenBLAS will default to build in LAPACK 3.6)# LIBS += -L/opt/openblas/0.2.18/lib -lopenblas# use the LAPACK and BLAS provided by SIESTA# ScaLAPACK# ScaLAPACK Only required for MPI compilation.# LIBS += -L/opt/scalapack/2.0.2/lib -lscalapack# NETCDF added by deqitangINCFLAGS += -I${HOME}/softwares/netcdf_install/includeLDFLAGS += -L${HOME}/softwares/zlib_install/lib -Wl,-rpath=${HOME}/softwares/zlib_install/libLDFLAGS += -L${HOME}/softwares/hdf5_install/lib -Wl,-rpath=${HOME}/softwares/hdf5_install/libLDFLAGS += -L${HOME}/softwares/netcdf_install/lib -Wl,-rpath=${HOME}/softwares/netcdf_install/libLIBS += -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lzCOMP_LIBS += libncdf.a libfdict.aFPPFLAGS += -DCDF -DNCDF -DNCDF_4#DUMMY_FOX = --enable-dummy# For netCDF support. Make sure you get a version compatible# with the other options (for example, 32/64 bit). Don't forget# to set -DCDF below.NETCDF_ROOT= ${HOME}/softwares/netcdf_installNETCDF_LIBS= -L$(NETCDF_ROOT)/lib -lnetcdffNETCDF_INCFLAGS= -I$(NETCDF_ROOT)/include# HDF-5.HDF5_ROOT= ${HOME}/softwares/hdf5_installHDF5_LIBS = -I$(HDF5_ROOT)/include# endCOMP_LIBS += libfdict.aLIBS = $(COMP_LIBS) $(NETCDF_LIBS)#SIESTA needs an F90 interface to MPI#This will give you SIESTA's own implementation#If your compiler vendor offers an alternative, you may change#to it here.# MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a#MPI_INCLUDE=${HOME}/softwares/openmpi_install/include# end by deqitang@# The atom.f code is very vulnerable. Particularly the Intel compiler# will make an erroneous compilation of atom.f with high optimization# levels.atom.o: atom.F $(FC) -c $(FFLAGS_DEBUG) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $.c.o: $(CC) -c $(CFLAGS) $(INCFLAGS) $(CPPFLAGS) $.F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $.F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $.f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $.f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $
然后执行make构建siesta:
make siesta
构建完siesta后，如果你需要构建transiesta，需执行:
make cleanmake transiesta
还有一个常用的工具是tbtrans，其位于SIesta项目的./Util/TS/TBtrans目录下，通过下面命令来构建:
cd ../Util/TS/TBtransmake
注意Siesta的构建系统 没有提供make install。因此我们可以将编译的到的可执行程序移动到一个目录，然后将该路径添加到环境变量中，方便在终端中调用程序。
就此，常用的工具构建完毕。
第三步设置环境变量
在~/.bashrc文件中添加如下内容:
export PATH=\$PATH:/home/xxx/softwares/siesta_bin
这里假设，我们将之前编译得到的siesta、transiesta、tbtrans程序都拷贝到了/home/xxx/softwares/siesta_bin中。
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1.ag：比 grep、ack 更快的递归搜索文件内容。
2.tig：字符模式下交互查看 git 项目，可以替代 git 命令。
3.mycli：mysql 客户端，支持语法高亮和命令补全，效果类似 ipython，可以替代 mysql 命令。
4.jq: json 文件处理以及格式化显示，支持高亮，可以替换 python -m json.tool。
5.shellcheck：shell 脚本静态检查工具，能够识别语法错误以及不规范的写法。
6.yapf：Google 开发的 python 代码格式规范化工具，支持 pep8 以及 Google 代码风格。
7.mosh：基于 UDP 的终端连接，可以替代 ssh，连接更稳定，即使 IP 变了，也能自动重连。
8.fzf：命令行下模糊搜索工具，能够交互式智能搜索并选取文件或者内容，配合终端 ctrl-r 历史 命令搜索简直完美。
9.PathPicker(fpp):在命令行输出中自动识别目录和文件，支持交互式，配合 git 非常有用。
运行以下命令：
10.htop: 提供更美观、更方便的进程监控工具，替代 top 命令。
11.axel：多线程下载工具，下载文件时可以替代 curl、wget。
12.sz/rz：交互式文件传输，在多重跳板机下传输文件非常好用，不用一级一级传输。
13.cloc：代码统计工具，能够统计代码的空行数、注释行、编程语言。
14.ccache：高速 C/C++编译缓存工具，反复编译内核非常有用。使用起来也非常方便：
改成:
15.tmux：终端复用工具，替代 screen、nohup。
16.neovim: 替代 vim。
17.script/scriptreplay: 终端会话录制。
回放:
18.you-get: 非常强大的媒体下载工具，支持 youtube、google+、优酷、芒果 TV、腾讯视频、秒拍等视频下载。
还有 mac 专有的 pbcopy/pbpaste：
把命令行输出拷贝到系统粘贴板：
把系统粘贴板内容拷到终端:
mac 下的 say 命令支持多种语言(英语、普通话、粤语)文本朗读，支持各种销魂恐怖的语气。跑这个命令感受下，小心被吓着了：
19.thefuck：用途是每次命令行打错了以后，打一句 fuck 就会自动更正命令。比如 apt-get 打成了 aptget。fuck 以后自动变成 apt-get。但还是没加 sudo。再 fuck，成功！
又比如 git branch 打成了 git brnch。fuck！更正成 git branch。
又比如 python 打成了 puthon。fuck！一秒变 python。
而且关键是每次打命令和内心 os 完全一致，有种人机合一的快感。fuck！
20.tldr: 如果你经常不想详读 man 文档，那么你应该试试这个小工具。
使用 $ man tar 时
使用 $ tldr tar 时
既然是windows服务器的share目录 ，你去装WINDOWS的电脑中看一下，有没有admin用户的，share目录有没有添加admin用户的完全控制的，因为这个目录是你mount过来的，并不是真正的LINUX上的，你chmod后，用ls -l看一下，权限是否修改了的，虽然我没做过你这样的mount的，但我估计，你chmod后，权限应该没有改变的。
Linux上文本处理工具虽不少，像cut,tr,join,split,paste,sort,uniq,sed,awk这些经典工具让人眼花缭乱，而且都太老了，使用方法都不太人性化，尤其awk，语法简直反人类；所以perl，python，ruby等脚本语言相当热火，我倾向用python，但处理一些简单任务python写的还是比较麻烦，无法一行命令解决，直到我发现了它- Pyp ！
Pyp(Pyed piper)–一个python写的类似sed，awk的文本处理工具，简单优雅而强大~
** 安装：**
ubuntu官方源就有:
aptitude install pyp
基本使用：
echo ‘string’ | pyp “命令”
变量p：
将每行作为一个字符串,p就是这这个字符串，python的字符串方法都可以用,譬如字符替换：
cat test.txt |pyp "p.replace('123','abc')"
变量pp:
将整个文本当做一个列表，每行是个列表元素,列表方法都可以使用，譬如行排序：
cat test.txt |pyp "pp.sort()"
管道：
pyp的命令可以内嵌管道，此时管道后p或pp代表前一个命令的输出，类似unix下的标准管道：
echo 'FOO IS AN ' | pyp p.replace('FOO','THIS')|p+'EXAMPLE'"
这个例子通过管道将replace后的字符串再当做p，增加了额外字符串’EXAMPLE’
分割：
echo /this/is/a/splitting/example | pyp "p.split('/')"
将产生一个有序号的输出
算数运算：
echo 'qwe665' | pyp "(int(p[3:]) + 1)"
同时处理两个文本：
使用“–text_file”标识可以操处理第二个文本，类似于”p”"pp”，第二个文本行和整体用变量”fp”"fpp”替代： cat a.txt | pyp "p + fp" --text_file b.txt
正则表达式:
pyp也支持正则，p.re(正则表达式)就行
cat a.txt | pyp "p.replace(p.re('^#.*'),'')"
这句就删掉所有注释行
PYP参考手册：
特殊变量：
p
pp
original //original line by line input to pyp
o //same as original
sp //second steam line input, just like p, but from all non-flag arguments AFTER pyp
quote //a literal ” (double quotes can’t be used in a pyp expression)
paran //a literal ‘
dollar //a literal $
n //line counter (1st line is 0, 2nd line is 1,…use the form “(n+3)” to modify this value.
nk //n + 1000
date //date and time. Returns the current datetime.datetime.now() object.
pwd //present working directory
history //history array of all previous results: so pyp “a|u|s|i|h[-3]” shows eval of s
h //same as history
letters //abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
digits //0123456789
punctuation //!”#$%’()*+,-./:;=?@[]^_{|}~`
与split和join有关的变量：
s OR slash //p split/joined on “/”
d OR dot //p split/joined on “.”
w OR whitespace //p split on whitespace (on spaces,tabs,etc), joined on spaces
u OR underscore //p split/joined on ‘’
c OR colon //p split/joined on ‘:’
mm OR comma //p split/joined on ‘,’
m OR minus //p split/joined on ‘-’
a OR all //p split on [' '-=$...] (on “All” metacharacters)
与p有关变量：
p.dir path DIRECTORY
p.file path FILE
p.ext path EXTENSION
行级操作：
pyp “p” //直接打印各行
pyp “p +’FOO’” //每行append字符串
pyp “p +’FOO’| p + o” //append的新字符串再与老字符串做操作
pyp “p.replace(‘FOO’,'GOO’)” //字符串替换
pyp “p.kill(‘GOO’)” //删除特定字符串
string substitution pyp “‘%s FOO %s %s GOO’%(p,p,5)”
pyp “p.split(‘FOO’)” ` //分割成列表
pyp “slash“ //用’/'分割成列表的简写
pyp “slash[0]” //用’/'分割成列表并选取第一列
pyp “s[2:6]” //用’/'分割成列表并选取多列
pyp “s[2:6] | s” //用’/'分割成列表并选取多列再用’/'拼接
echo ‘qwe665′ | pyp “(int(p[3:]) + 1)” //算数操作(要用()包围)
pyp “p.replace(p.re(REGEX),STR)” //正则表达式
pyp “p.letters()” //只输出字符
pyp “p.digits()” //只输出数字
pyp “p.punctuation()” //只输出标点
pyp “p.clean(DELIM)” //处理乱码字符，将其替换为DELIM
文本当做列表操作：
pyp “pp” //输出整个文本
pyp “pp.sort()” //排序
pyp “pp.uniq” //去重
pyp “pp.oneline” //合并所有列表元素到一行字符串，元素间以空格分开
pyp “pp.unlist()” //不知道什么意思
pp.divide(N) //每N个元素合并一个新列表
pyp “pp.before(‘FOO’[,n])” ////输出指定字符串的上面n行，默认为一行
pyp “pp.after(‘FOO’[,n])” //输出指定字符串的下面n行，默认为一行
pyp “pp.matrix(‘FOO’[,n])” //输出指定字符串的上下面各n行，默认为一行
pyp ”[x for x in pp]” //遍历列表
pyp “pp.sort() | p” //文本当做列表处理完再转换成文本
pyp “pp.delimit(DELIM)” //自定义分隔符而不是默认的换行符