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1、系统的技术架构比较
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分层是将系统进行有效组织的方式，分而治之的思想是计算机领域中非常重要的思想。在好的分层思想引导下，便能实现“高内聚、低耦合”，也能将具体的问题 割裂开来，易于控制、易于延展，更易于分配资源。PHP只能实现简单的分布式两层或三层的架构，而JAVA在这方面就十分强大，可以实现多层的网络架构。运用MVC的设计模式，可使电子商务软件具有更加高效、合理的系统架构。技术架构的落后，使运用PHP编写的电子商务软件先天不足，而后天又无法补足其先天上的劣势。使得系统在可拓展性、需求应变性上与JAVA编写的电子商务软件系统的差距越来越大。架构的差距，注定了PHP做的电子商务充其量是个小家碧玉，始终无法和JAVA这种大家闺秀同台竞技。
2、数据库访问比较
PHP可编译成具有与许多数据库相连接的函数。将自己编写外围的函数去间接存取数据库。通过这样的途径当更换使用的数据库时，可以轻松地修改编码以适应这样的变化。但PHP提供的数据库接口支持彼此不统一，比如对Oracle,MySQL,SQL2000的接口，彼此都不一样。由于PHP对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，所以数据库访问代码的通用性不强。
3、安全性对比
在JAVA的面前，PHP丢掉了很多的优势。在代码的安全性上尤为突出。PHP的开发程序在别人拿到代码后，可以很容易的进行修改。而JAVA开发的程序由于无法看到完整的源代码，只能看到一些编译好的类文件.class，所以安全性较高。加之系统架构的优势，在安全性上PHP和JAVA是相去甚远。如果非要将PHP和JAVA在安全性上做个比较的话，同一个小偷光顾PHP那是随便拿来随便改，想拿什么拿什么，拿的高兴还能大笔一辉某某到此一游。而光顾JAVA的时候，便会发现警察把守，内设自动报警装置，即便突破重重阻扰后进入居室。那值钱的东西都放在加密后的保险柜中，只能望洋兴叹、铩羽而归。
MVC架构而已，其实只是个思想！
Model、view、Contrller 就好比原来是一个人把所有的事情昨晚
现在分成一个人负责显示界面，一个人负责逻辑，一个人负责数据库！
其实做的事情还是一样的，只是这么做更适合多人分工，别把他想的多高大上。
java应用的场景比较广泛，人相对来讲也比较多，php主要是用于网站方面，如果是用于建网站的话，php开发比较快速。
1，PHP适合于快速开发，中小型应用系统，开发成本低，能够对变动的需求作出快速的反应。而Java适合于开发大型的应用系统，应用的前景比较广阔，系统易维护、可复用性较好。
2，系统的技术架构比较，PHP只能实现简单的分布式两层或三层的架构，而JAVA在这方面就十分强大，可以实现多层的网络架构。
3，数据库访问比较，PHP对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，所以数据库访问代码的通用性不强，而Java通过JDBC来访问数据库，通过不同的数据库厂商提供的数据库驱动方便地访问数据库，访问数据库的接口比较统一。
4，开发成本比较，既然php在诸多方面都不如java优异，那么php开发出的oa产品何以与java产品竞争呢？在于Php阵营普遍走的是低端路线，而java阵营走的是中高端路线。两者之间的区域较小。
拓展资料：
Java（计算机编程语言）
Java是一门面向对象编程语言，不仅吸收了C++语言的各种优点，还摒弃了C++里难以理解的多继承、指针等概念，因此Java语言具有功能强大和简单易用两个特征。
Java语言作为静态面向对象编程语言的代表，极好地实现了面向对象理论，允许程序员以优雅的思维方式进行复杂的编程 。
PHP（外文名:PHP: Hypertext Preprocessor，中文名：“超文本预处理器”）是一种通用开源脚本语言。语法吸收了C语言、Java和Perl的特点，利于学习，使用广泛，主要适用于Web开发领域。PHP 独特的语法混合了C、Java、Perl以及PHP自创的语法。
它可以比CGI或者Perl更快速地执行动态网页。
用PHP做出的动态页面与其他的编程语言相比，PHP是将程序嵌入到HTML（标准通用标记语言下的一个应用）文档中去执行，执行效率比完全生成HTML标记的CGI要高许多；PHP还可以执行编译后代码，编译可以达到加密和优化代码运行，使代码运行更快。
参考资料：百度百科，JAVA
百度百科，PHP