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当然有优势啦
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GIS行业的老大ERSI公司给那一套开发者SDK中，有2个平台：.NET 和 JAVA的
开源GIS服务软件GeoServer 是纯粹基于JAVA的
开源3D GIS软件WorldWind有2个SDK:有C#和JAVA的，不过官方已经停止了C#版本升级，只升级JAVA平台的
开源的GIS软件GeoTools是纯粹基于JAVA的
Mapinfo的WEB端程序MapX是基于JAVA的，没有.NET开发平台
JAVA在GIS开发方面的优势？就是开发者群体大，
不过，由于我们国内的IT被微软绑架的比较厉害，所以.NET平台的多一点。
你去书店逛逛GIS方面的书，基本上都是.NET平台的，其实.NET平台不好……
文档、资料方面当然丰富了
而且JAVA能够在各种操作系统上跑，.NET只能在WINDOWS跑
java目前都是做webgis开发的，如果做gis二次开发的话；
另外还要学习javascript , css,html等网络常用语言技术；
用java有下特点：
1.开源 ：
sun公司不会追究你责任，但二次开发软件一般都不免费，如arcgis ,超图，可以做Google开源。开源是第一特点，这也是java流行的原因，需要做Java的单位很多
2.适合做webgis：
这也是java做gis的优势，桌面软件的话我就知道oracle是java开发的，其它还没怎么见过
3.java上手难度大：
java没有c#好学，而且开发平台不友好，上手慢，开发不够敏捷，需要用很多插件，但是很灵活，这也是优势所在。
4.做GIS只有java是远远不够的，还要javascript,css,html,xml等；
5.java会被取代
java开发里最多的还是BS结构，java当然也可以做Gis的开发，我们公司就做了很多Gis的系统，就是用Java做的。现在又挺多开源的、收费的Gis框架。
一般情况下做CS结构的系统很少会用到Java的，Java做的比较多的是大型的网站系统、信息管理系统等等。Java的优势就是夸平台、速度快。
你想像Google地图、某城市的旅游地图、交通地图啊等等的，这些系统的客户会出现在不同的位置、使用不同的机器、系统，不可能让客户使用前去安装一个客户端，那样是笨拙的、不方便的，所以这些系统就会做成BS机构的，这时候用Java做就有优势了。
你说方不方便也是要看你做把地图做成什么程度了，像简单的拖拽、缩放、测量、定位、框选这些都很容易的，你要搞了复杂一些的话就要下些功夫去研究那些框架了。这方面深层的帮助文档好像不多，毕竟这方面的应用不是那么普及。
希望对您有帮助！
你的串号我已经记下，采纳后我会帮你制作
GIS
是
地理信息系统
，一般来讲是一套集数据显示、存储、分析等操作的
计算机程序
，当然GIS是基于并随着计算机技术发展而发展的。现在的GIS主要是分单机GIS，网络GIS和
移动GIS
。
Java是计算机编程技术，是用来构建应用程序或网站，分为JavaSE（标准版），JavaEE（企业版）和JavaME（移动版）。
你要说他们之间的关系，就目前现在应用而言，我觉得：其一，网络GIS可以用JavaEE技术来进行搭建。比如开发网站来加载显示地图数据，分析等等，像Google
Map。其二，基于Android进行Mobile
GIS的开发，因为Android开发是基于Java语言的，所以Java的优势就在于与Android的结合。比如
高德地图