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要看是什么项目了，J2EE的前台一块，做页面，javascript类，后台一块，java与数据库，前台之间协作，后台又可以细分，加入了框架类的话，就可以分MVC结构，MVC不懂请百度。数据库又可以分数据库开发，写数据库存储过程，当然这块可以没有，有些直接用JAVA框架与数据库交互。如果CS的话，前台就会是java的SWING或直接用别的像vb这烦前台开发。
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原因如下：
模块开发，其中包含在项目开发中由具体的业务层次分成的模块，按照功能划分为模块！
再详细的还有按照某个特定的方法中也可以称之为模块！因为每个公司的要求不同所以模块也是不同的！
分模块开的好处有很多，比如我们开发了一个留版的模块，以后所有的项目只要能用到留言版，都可以直接调用了，不用重新再开发一次了，这是好处之一，也是最大的好处。
所以建议新手应该保存一些基本的代码！以备高压力工作下能快速开发出高效的代码！
先仔细理解业务的功能，做到全局掌握。然后借助于一些建模工具，如Rose
,
Visio,
PowerDesigner之类的，用面向对象(OO)的方法把业务涉及的主要对象建立起来，
并建立他们之间的关系，你可能需要了解一些OO建模方面的知识，包括泛化、关联、组合、聚合这些常用的类之间的关系，把类之间的关系建立起来，这样慢慢的类的成员和方法就会清晰起来了。
其实一个系统建的模型可以有很多种，它们的优劣在于设计者的经验，借助于一些成熟的设计模式可以少走一些弯路，有一些普遍的准则可循，例如迪米特准则，“高内聚、低耦合”，多用组合少用继承等等，但不能为了模式而模式，归根结底还是系统能用好用。
唉，说了很多空话套话，其实你自己去实现一个系统，就会发现有很多可以改进的地方！这些原则都是在实践中掌握的！