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是的，但是想用也可以继续用啊，只是服务器安全系数不高了而已，如果有技术人员就不用担心，想换服务器就换个不支持2003操作系统的，就像天互数据的小苹果服务器，就不支持2003操作系统
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1、对于服务器端有影响。比如你服务器上的浏览器从ie6升级到ie8，然后你用服务器上升级后的浏览器访问服务器上的网站，个别会出现不兼容情况。
2、对客户端无影响，比如客户访问你服务器上的网站，当然除非客户也换了浏览器！
个人意见，仅供参考！
按说是不会影响的
如图所示这个宝塔面板是5.9.1的，虽然没升级过，但是备份整站搬家到6.9版本也没有问题
所以宝塔升级不会影响网站运行的
不过还是建议在升级宝塔面板之前备份整站和数据库，这样才安全一些
服务器装补丁一般对性能不会有太大的影响，补丁一般主要是修复系统漏洞问题的，及时的更新补丁，修复系统漏洞，可以令服务器更加的安全。建议可以在服务器上安装服务器安全狗，有补丁提示，可以及时修复，并且如果因为补丁造成了影响，可以通过服务器安全狗补丁管理还原回到原来的没装补丁的情况，并且服务器安全狗还可以为你的服务器起到防护作用，一举两得。