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一般都是网站程序存在漏洞或者服务器存在漏洞而被攻击了
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网站挂马是每个网站最头痛的问题，解决办法：1.在程序中很容易找到挂马的代码，直接删除，或则将你没有传服务器的源程序覆盖一次但反反复复被挂就得深入解决掉此问题了。但这不是最好的解决办法。最好的方法还是找专业做安全的来帮你解决掉
听朋友说 SineSafe 不错 你可以去看看。
清马+修补漏洞=彻底解决
所谓的挂马，就是黑客通过各种手段，包括SQL注入，网站敏感文件扫描，服务器漏洞，网站程序0day, 等各种方法获得网站管理员账号，然后登陆网站后台，通过数据库 备份/恢复 或者上传漏洞获得一个webshell。利用获得的webshell修改网站页面的内容，向页面中加入恶意转向代码。也可以直接通过弱口令获得服务器或者网站FTP，然后直接对网站页面直接进行修改。当你访问被加入恶意代码的页面时，你就会自动的访问被转向的地址或者下载木马病毒
清马
1、找挂马的标签，比如有script language="javascript" src="网马地址"/script或iframe width=420 height=330 frameborder=0
scrolling=auto src=网马地址/iframe，或者是你用360或病杀毒软件拦截了网马网址。SQL数据库被挂马，一般是JS挂马。
2、找到了恶意代码后，接下来就是清马，如果是网页被挂马，可以用手动清，也可以用批量清，网页清马比较简单，这里就不详细讲，现在着重讲一下SQL数据库清马，用这一句语句“update 表名 set 字段名=replace(字段名,'aaa','')”， 解释一下这一句子的意思：把字段名里的内容包含aaa的替换成空，这样子就可以一个表一个表的批量删除网马。
在你的网站程序或数据库没有备份情况下，可以实行以上两步骤进行清马，如果你的网站程序有备份的话，直接覆盖原来的文件即可。
修补漏洞（修补网站漏洞也就是做一下网站安全。）
1、修改网站后台的用户名和密码及后台的默认路径。
2、更改数据库名,如果是ACCESS数据库，那文件的扩展名最好不要用mdb，改成ASP的，文件名也可以多几个特殊符号。
3、接着检查一下网站有没有注入漏洞或跨站漏洞，如果有的话就相当打上防注入或防跨站补丁。
4、检查一下网站的上传文件，常见了有欺骗上传漏洞，就对相应的代码进行过滤。
5、尽可能不要暴露网站的后台地址，以免被社会工程学猜解出管理用户和密码。
6、写入一些防挂马代码，让框架代码等挂马无效。
7、禁用FSO权限也是一种比较绝的方法。
8、修改网站部分文件夹的读写权限。
9、如果你是自己的服务器，那就不仅要对你的网站程序做一下安全了，而且要对你的服务器做一下安全也是很有必要了！
网站被挂马是普遍存在现象然而也是每一个网站运营者的心腹之患。
您是否因为网站和服务器天天被入侵挂马等问题也曾有过想放弃的想法呢，您否也因为不太了解网站技术的问题而耽误了网站的运营，您是否也因为精心运营的网站反反复复被一些无聊的黑客入侵挂马感到徬彷且很无耐。有条件建议找专业做网站安全的sine安全来做安全维护。
找个MySQL软件
然后由于手动安装MYSQL，需要在系统中建立名为mysql的用户和组，并制定musql用户的宿主目录是"/usr/local/mysql/data"
# groupadd -g 200 mysql
# useradd -u 200 -g mysql -d /usr/local/mysql/data -M mysql
然后将软件包释放到"/usr/local/“目录中，为了方便管理，用ln命令建立该目录的符号链接目录为mysql。
# tar zxvf MySQL-server-5.1.53-1.glibc23.i386.tar.gz -C /usr/local/
#cd /usr/local/
# ln -s MySQL-server-5.1.53-1.glibc23.i386/ mysql
然后在"var/lib"建立名为mysql的子目录，并设置目录和MYSQL服务器安装目录的属主和属组
# mkdir /var/lib/mysql
# chown -R mysql :mysql /var/lib/mysql
# chown -R root :mysql /usr/local/MySQL-server-5.1.53*
# chown -R mysql :mysql /usr/local/mysql/data/
然后进入到MySQL的服务器程序的目录，复制mysql的配置文件my点吸烟 f到"/etc"目录中，并执行mysql.install_db命令初始化MySQL服务器中的数据库。
# cd /usr/local/mysql
#cp support-files/my-medium点吸烟 f /etc/my点吸烟 f
如果mysql的RPM包在系统中已经安装，"/etc"目录会存在my点吸烟 f文件，将提示覆盖原有的my点吸烟 f文件
cp:overweite '/etc/my点吸烟 f'? y
# ./scripts/mysql_install_db
然后设置"/var/lib/mysql/"和"/usr/local/mysql/data/"两个目录中的所有文件属于mysql用户和用户组，以保证访问权限。
# chown -R mysql :mysql /var/lib/mysql/
#chown -R mysql :mysql /usr/local/mysql/data/
然后使用safe_mysqld 命令启动MYSQL服务器运行，并制定MYSQL服务程序以系统用户mysql的身份运行
# /usr/local/mysql/bin/safe_mysqld --user=mysql
由于数据库管理用户root的初始密码为空所以要设置
# /usr/local/mysql/bin/mysqladmin -u root password ‘密码'
最后指定登录数据库的用户名
# /usr/local/mysql/bin/mysql -u root -p (-p是设置提示用户输入口令)。
不知道对你有没有帮助 有空看看吧
一般mysql漏洞有对应的CVE编号，根据CVE修复建议，到官网下载漏洞更新补丁或更新版本。