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图1隔离Java程序示意图 对Class文件进行加密 为了防止Class文件被直接反编译，许多开发人员将一些要害的Class文件进行加密，例如对注册码、序列号治理相关的类等。
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可以使用Virbox Protector Standalone 加壳工具对java的class类进行加密，支持各种开发语言的程序加密。
此种方式能很有效地保护java代码。缺点：可以通过替换JRE包中与类装载相关的java类或虚拟机动态库截获java字节码。 jar2exe属于这类工具。
Java的安全性主要体现在以下几个方面：使用引用取代了指针，指针的功能强大，但是也容易造成错误，如数组越界问题。
Java 字节码没有内部类的概念，因为编译器将内部类转换成了普通类，而如果没有将内部类声明为 private，则同一个包内的任何代码恰好能访问该普通类。影响因为有这一特性，所以包内的恶意代码可以访问这些内部类。
jdk安装好配置环境变量后，系统就承认了 java，javac等命令，当编译好java文件，就可以在开始——运行——cmd的dos系统下运用指定命令运行java文件。JDK 是整个Java的核心，包括了Java运行环境，Java工具和Java基础的类库。
首先我们打开myeclipse，点击左上角的File。接着选择New，选择Java Project。在创建java项目的页面，首先给项目命名，点击next。一般在这里没有什么要设置的，点击下面的Finish。
运行Java程序，使用以下命令：java HelloWorld 这会在命令提示符或终端窗口中运行Java程序，并输出程序的结果。注意：在使用记事本（Notepad）编写Java源代码时，应将文件编码保存为UTF-8格式，以避免出现编码问题。
首先，需要安装jdk并配置环境变量。然后，在命令行中，用javac命令编译用记事本编写的代码。下一步，在命令行中，用java命令执行编译后的结果。
第一步：［JAVA_HOME]的配置，变量名就是：JAVA_HOME；值是安装java的路径选中到jdk的文件夹。第二步：classpath的配置。这里是真正运行时用到的环境变量。
如果你觉得C能保证安全水平更好，那可以加挂 Java 6 开始支持的 Instrument，它可以支持对 class 文件进行解密。
原则四：避免使用内部类一般来讲，开发者会在同一软件包内其它类需要时使用内部类。这些内部类通常可供同一软件包内全部类进行访问，由此可能引发的问题在预定义代码范围部分已经提到。因此，同样请仅在必要时使用内部类。
这个就要用专业的源代码加密软件去加密了。因为源代码涉及到的编译环境会相对复杂的。我目前了解到就是德人合科技的加密防泄密系统。
避免最终应用程序中的死代码(注释内的代码)。如果闯入者去掉了对这样的代码的注释，那么代码可能会影响系统的功能性。
首先要明确以下两点：不影响被防范的成员（比如新程序员）工作。让其能正常运行、调试、查看日志等。对核心代码封死，需要保护的部分不可见。
无法防止。.class文件的标准是公开的，无法防止别人反编译你的代码。你顶多可以用代码扰乱工具扰乱你的代码，这样反编译的代码就难以阅读。比如可以试试用proguard来扰乱（“加密”）和反扰乱（“解密”）你的代码。