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1并不是所有索引对查询都有效，SQL是根据表中数据来进行查询优化的，当索引列有大量数据重复时，SQL查询可能不会去利用索引，如一表中有字段sex，male、female几乎各一半，那么即使在sex上建了索引也对查询效率起不了作用。
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这样的结果就是PHP程序消耗较少的内存，但却增加了数据库服务器的压力，因为数据库会一直等待PHP来取数据，一直到数据全部取完。很显然，缓冲查询模式适用于小数据量查询，而非缓冲查询适应于大数据量查询。
你的查询需求中，最常用的where字段是什么，然后在数据表中给这个字段建立索引。多表查询、嵌套查询的话，就得优化sql了，这个得具体情况具体分析了。
避免使用！=或＜＞、IS NULL或IS NOT NULL、IN ，NOT IN等这样的操作符。优化SQL语句（让SQL语句更合理一些）。优化数据库字段类型。（能用其他的尽量不要用VCHAR）建立储存过程。
排查 PHP 网站运行速度慢的原因 首先，使用浏览器的开发人员工具(Chrome)或Firefox的Firebug，确定，问题出在前端，还是后端。
没必要一次性查出100W条。每次请求3-5W数据update，分页用递归。控制好变量内存，不要内存溢出。
●使用系统工具。如Informix数据库有一个tbcheck工具，可以在可疑的索引上进行检查。
这个问题我遇到过，一般出现这种情况都是DNS反解析问题，还有SSH连接过慢问题也是。
看看远程数据库和程序数据库是否在同一服务器。如不在同一服务器，测试一下与远程数据库服务器的连接速度。如在同一服务器，就是MY.INI设置问题。
(1)、Windows下开启MySQL慢查询MySQL在Windows系统中的配置文件一般是是my.ini找到[mysqld]下面加上代码如下log-slow-queries = F：/MySQL/log/mysqlslowquery。