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将控件的背景色设为透明即可：
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如Label1.BackColor=Color.
Transparent
当然，还有别的方式可使底色透明，你自已琢磨一下。
你可以这样的解决你的问题：
（我用的是vs。net2005）
button1.backcolor=transprent
这样你自己好好的试一试吧，我试了一下，感觉不错。
做二个窗口，下面那个透明，上面那个不透明。
解决移动的问题：移动上面那个窗口同时，要设置下面那个窗口的位置。做到同步移动，就可以实现你说的效果了。
1、将窗口的TransparencyKey属性设置成某一种颜色（在显示时，这种颜色会显示为透明），如：
Me.TransparencyKey = System.Drawing.Color.Red（可在属性窗口中指定或通过代码设置）
2、将Label的BackColor属性设置为与窗口的TransparencyKey属性相同的颜色，如：
Me.label1.BackColor = System.Drawing.Color.Red（可在属性窗口中指定或通过代码设置）
或
Me.label1.BackColor = Me.TransparencyKey（只能通过代码设置）
3、将Label的ForeColor属性设置为与窗口的TransparencyKey属性不相的颜色，如：
Me.label1.ForeColor = System.Drawing.Color.Blue（可在属性窗口中指定或通过代码设置）
PNG图片本身设置通道，使用Adobe Photoshop加入这个通道这样就肯定没白边了
这方面的知识属于Photoshop绘图相关的
通道的意思就是为这个时钟设置一个选择范围蒙板，屏蔽除时钟这个大圆形外的其它部分
加入通道后，把时钟外其它部分图像填充蓝色
这方面还有一些专用的技巧的，如通道设置的这个圆形范围周围做模糊处理之类的，说起来很复杂你也看不明白。你网上找一下有没有Photoshop加入通道演示的内容吧