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关于三者的区别可以根据三者本身的定义来进行区分：
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shutdown命令，可以安全的关闭或者重启Linux系统。众所周知Linux系统是不同于Windows系统的，当系统后台运行着好多程序时我们强制关机对于Windows系统可能没有太大的伤害，但是Linux系统是万万不可以的，如果强制关闭系统很有可能使数据丢失，使系统处于一种不稳定的状态。所以我们如果需要强制关机的时候，可以选择使用shutdown命令，这一命令会使系统管理员自动的通知所有已经登录的用户系统将要关闭请提前做好备份，当然这时的新用户也是不可以在登录的。
halt命令，相对于shutdown命令而言是一项比较简单的命令，换句话说这是一项最简单的关机命令。halt在执行时直接强制关闭应用程序，然后执行执行sync系统调用。这款命令，相对而言比较简单。
poweroff命令，它与以上两者最明显的区别就是直接切断电源，然后关闭整个计算机系统，但是由于现在一些嵌入式系统存在漏洞，所以poweroff命令并不能完全适应和应用于所有的嵌入式系统。
除了以上三大关闭系统的命令之外还有两个命令也是用来表示关闭系统的命令：reboot和init
reboot命令，其实reboot的工作命令和halt的工作命令差不多的，唯一的区别就是halt告诉系统关闭。而reboot引发系统重启。
init命令，几乎是所有进程的祖先﹐它的进程号始终为1﹐所以发送TERM信号给init会终止所有的用户进程、命令系统守护进程等。
备注：shutdown比较重要的几个参数说明：
[-t] 在改变到其它runlevel之前﹐告诉init多久以后关机。
[-r] 重启计算器。
[-time] 设定关机〔shutdown〕前的时间
[-f] 在重启计算器〔reboot〕时忽略fsck。
1、shutdown
shutdown命令安全地将系统关机。有些用户会使用直接断掉电源的方式来关闭Linux，这是十分危险的。因为Linux与windows不同，其后台运行着许多进程，所以强制关机可能会导致进程的数据丢失，使系统处于不稳定的状态，甚至在有的系统中会损坏硬件设备。而在系统关机前使用shutdown命令，系统管理员会通知所有登录的用户系统将要关闭。并且login指令会被冻结，即新的用户不能再登录。直接关机或者延迟一定的时间才关机都是可能的，还可能重启。这是由所有进程process都会收到系统所送达的信号signal决定的。这让像vi之类的程序有时间存储目前正在编辑的文档，而像处理邮件mail和新闻news的程序则可以正常地离开等等。
shutdown执行它的工作是送信号signal给init程序，要求它改变runlevel。
2、poweroff
poweroff命令用于关闭计算器并切断电源。
使用权限：系统管理者。
语法：poweroff [-n] [-w] [-d] [-f] [-i] [-h]
参数说明：
-n 在关机前不做将记忆体资料写回硬盘的动作
-w 并不会真的关机，只是把记录写到/var/log/wtmp档案里
-d 不把记录写到/var/log/wtmp文件里
-i 在关机之前先把所有网络相关的装置先停止
-p 关闭操作系统之前将系统中所有的硬件设置为备用模式
3、halt
最简单的关机命令。其实halt就是调用shutdown -h。halt执行时，杀死应用进程，执行sync系统调用，文件系统写操作完成后就会停止内核。
参数说明：
[-n] 防止sync系统调用，它用在用fsck修补根分区之后，以阻止内核用老版本的超级块superblock覆盖修补过的超级块。
[-w] 并不是真正的重启或关机，只是写。
wtmp 〔/var/log/wtmp〕纪录。
[-d] 不写wtmp纪录。
[-f] 没有调用shutdown而强制关机或重启。
[-i] 关机或重启前，关掉所有的网络接口。
[-p] 该选项为缺省选项，就是关机时调用poweroff。
4、reboot
reboot的工作过程差不多跟halt一样，不过它是引发主机重启，而halt是关机。它的参数与halt相差不多。
5、init
init是所有进程的祖先，它的进程号始终为1.所以发送TERM信号给init会终止所有的用户进程、守护进程等。shutdown就是使用这种机制。init定义了8个运行级别，init 0为关机、init 1为重启，其它运行级别这里不做过多介绍。另外还有telinit命令可以改变init的运行级别，比如：telinit -iS可使系统进入单用户模式，并且得不到使用shutdown时的信息和等待时间。
区别如下：
reboot 使用 shutdown 命令（使用 -r 开关）。 shutdown 命令用于杀死所有正在运行的进程，卸载所有文件系统，最后告诉内核发出 ACPI power 命令。 来源可以在这里找到。 在较旧的发行版中，reboot 命令通过发出 SIGKILL 信号（仍然可以在源代码中找到，可以使用 -f 选项调用）来强制进程退出，在最近的发行版中，它默认为更优雅和对 init 友好的 init 1 - shutdown -r。 这可确保守护进程在关闭前自行清理。
init 6 告诉 init 进程关闭 init 文件中写入的所有生成的进程/守护进程（以它们启动的相反顺序），最后调用 shutdown -r now 命令重新启动机器