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1、首先你得搭建PHP运行环境。建议使用PHP开发速成搭建工具包xampp。集成php+phpmyadm+mysql
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2、第二步，写需求，如图书管理系统。是否需要会员系统（会员是否分等级如普通、VIP分等级的话，那么有这些等级之间有什么差别）、是否需要文章发布、是否需要图书信息发布、是否需要在线购买书籍、是否要对书籍进行留言评论、是否要有在线试读。
3、针对上面列出的需求，进行数据库的表设计。表的设计要根据以上的需求来。
4、确定怎么对网站进行架构，因为这是一个系统了。是一个系统化的东西，而不是其中某一个小模块功能。你必须要对自己的网站来做一个架构。以使将来有可能网站进行功能模块增加、网站风格改版提供支持，如果只是单纯的PHP写法，将来网站维护改版会很麻烦的，前期一个好的系统架构很重要。这就是为什么很多好的程序员都会喜欢用自己熟悉的某一PHP框架来进行编程了。当然，你也可以自己构思自己的框架，当然这个是需要有对PHP这门语言相当熟练，在通过自己的理解，自己的需要编写适合自己或大众的框架。如zend framework 、thinphp、qeephp、smarty、cakephp等等，要知道一个好的框架不是一天就能写出来的，都是日积月累的。
5、程序实现了你自己的需求，然后就是测试了。测试，可以分的很细了。如数据完整性验证。数据有效性、操作步骤一致性、
6、以上则完成。
看到你前面几段写的就知道你是玩Java的。Java主要用Spring来实现主要的解耦功能。
PHP这里的框架很少，而且PHP也没有那么灵活的反射机制等吧。所以如果要用PHP来实现高内聚低耦合，有点难度，除非你自己搞框架。
我看discuz论坛都没有用那么复杂的技术，而且我个人觉得PHP用MVC来分，分个controller，实在没有必要。
如果楼主用了很复杂的业务逻辑，为何不用Java来做业务中心，PHP做前端，使用Java的WebService来暴露数据呢？
个人拙见，一起探讨。
1、单击打开phpstudy软件，然后单击mySQL管理器。
2、进入PHPmyadmin登录界面，默认帐号和密码为root。
3、然后，单击数据库并输入所需的数据名称，例如：new，随机获取。
4、然后，单击用户并单击“下一步”以添加用户。
5、填写用户名，主机选择local，密码设置为2。一种是自己设置，另一种是使用系统生成。然后单击添加用户。
6、添加成功后，您可以在下面的图像中看到它，然后单击编辑权限。
7、将进入图形界面，但不在此处设置权限。
8、将滚动条滚动到此点，然后选择刚刚设置的名称。
9、将快速进入权限设置界面，数据和结构选择，管理全部，然后单击执行。
10、完成上述步骤后，构建数据库就完成了。效果如下。
1.首先要全面分析一下你的系统涉及到哪些事物对象，一般来说是为每种对象建立一张表。
2.然后是分析每个事物都有哪些属性，每个属性是什么特点，反映在数据库中这个字段是什么类型。
2.然后分析各个事物之间的关系，哪个是“一”，哪个是“多”。如班级是“一”，学生是“多”，则要在学生表中添加一个字段来保存他所属的班级。
最基本的就是这样，其他就是一些优化的问题。
建议你在网上找一些相关电子书进行系统的学些；然后就是可以下载一些程序，想dz，ecshop之类，如果让你自己来设计数据库你会怎样做，然后打开程序看别人是怎么设计的；看多了就熟悉了。