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串口通信最终都是用二进制传输的，你用代码把二进制转化成十六进制就可以了。不需要额外设置。
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我不给你代码了，我才编了SOCKET的，告诉你原理吧（我的编程经验而已）
SOCKET传输文件和接受是有大小限制的，默认是81**来则也就是8K多，你可以改小，但改大我没试过，然后你必须把文件分成若干份，然后传过去，然后在接收端组合起来，同时接收端的接受大小要和发送大小统一。
至于你说的文件名，文件名不属于文件数据中的一部分，它不参与数据传输的，你只能在接收端重新改名字。
同时为什么要用上面的方法传呢，因为VB.NET中的SOCKET有很多问题，我就为此烦过，因为要丢包（理论上TCP不存在），或者粘包，或者断包，也就是你在接收端获取文件时数据是要出错的，比如你定长3000B，结果接收端可能先收到2000B，当接受端接受后，处理会出错的。
所以SOCKET的标准发送方法是建立定长的结构体（结构体必须定义为可序列化结构体），最好结构体里面至少包含有 1，文件名，2，本包序号，3，本包数据，比如每个包大小3040B，文件名占20，序号占20，数据占3000，然后发送出去，接收端每次固定接受3040B，如果接受到的包没有这么大（比如收到2000），那么继续接受（1040），直到达到3040后组合成一个包，在把包分解成结构体，相同的文件名为一个文件，再按照序号按次组合其中的数据，这就完成了传输。这样的方法还可以同时传送多个文件，因为结构体里面包含了文件名和序列号，不会错乱，如果是大文件，请不要接收完毕后（最后一个包的序号可以为-1，或者包里包含总长度，检查到序号为-1时表示完毕，或者达到总长度后表示完毕）再组合，因为这样会浪费电脑内存，最好的方法是一边接受数据，一边写入到文件中（收到第一个包时就建立文件，以后每个包的数据都往里面写）。
回答你的问题：
1、经过上面的传输后，文件是不变化的,MD5检查都是正常的，不用担心文件大小有变化（如果有变化，那就是代码没编对）
2,、文件名问题，我前面提到了，文件名是不参与传输的，它不属于数据中的一部分，比如同一个文件，不管你怎么改名字MD5是不变的。你只能通过把文件名想办法传给对方（比如我上面说的结构体方法），让对方写入文件时使用。
3，代码：
还是给你找找吧，等等
不行，我的都很大，很长，你还是在网上找吧，有很多例子，我也是网上学的。
传输Integer 数据类型来传输比较方便.因为Integer 的取值可以是0x0000-0xFFFF .当你把数据发送到目的主机后可以利用Hex() 把接收到的数据从十进制转换到十六进制..