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MySQL Workbench的界面没有直接提供注释颜色的修改选项，但是可以通过修改安装目录下data文件夹中的“code_editor.xml”来实现颜色更改。
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找到该文件，比如在C:\Program Files\MySQL\MySQL Workbench 6.3 CE\data\code_editor.xml
修改之前请先备份
确保MySQL Workbench是关闭状态（文件占用不能修改）
大概在54行左右看到
style id="1" fore-color="..." / !-- SCE_MYSQL_COMMENT --
style id="2" fore-color="..." / !-- SCE_MYSQL_COMMENTLINE --
将上述两个节点的fore-color改为#A0A0A0（默认灰色），保存（可能由于权限问题该文件为只读，如果提示无法保存可以试着复制一个到其他位置，修改后覆盖回该文件夹）
启动MySQL Workbench新建一个Query验证
本机修改为RED和GREEN
重启MySQL Workbench后结果
你问的是mysql为什么改不了背景颜色吧，因为是单色输出。
mysql是单色输出，只能有一个背景颜色，在mysql配置中有一个很好的选项叫做pager。这个可以改善字体颜色。
MySQL标准版包括InnoDB，这使其成为一种全面集成、事务安全、符合ACID的数据库。此外，MySQL复制还让您可以交付高性能、可扩展的应用。
使用mysql_query,mysql_fetch_array函数将查询结果循环输出，至于改变颜色，得根据需求，吧问题描述清楚。
打开电脑左下角【开始菜单】，在下方找到【所有程序】点击打开
在所有程序中找到mysql运行程序，点击打开
进入MySql命令行，可以看到默认的字体可能会很小影响我们正常使用。
右键点击MySql上方的边框（不要点击黑色区域），在弹出的对话框点击【属性】
进入属性设置栏，点击上方菜单栏处【字体】
在右方字体大小处，选择合适的字体大小，然后点击确定
设置字体大小完毕，返回命令行可以看到字体大小已经设置成功。
在设置栏里可以看到【颜色】选项，点击即可进行颜色设置