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java的部署主要是遵循J2EE规范，一般是把源码按照规范放到一个web（比如tomcat啥的）容器，类似php的apache服务器，所以你要二次开发，就需要了解原来系统的环境，一般说明中会有，然后停掉服务器，把你修改好的代码更新，重启服务器。如果要自动可能需要自己简单的实现一下，或者用一些第三方优秀工具啥的，如果还有问题可以继续追问，或者看我的百度空间
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java 应用程序在linux部署方法：
1，将项目达成war包（用eclipse，项目右键--Export--选择war file）
2,将tomcat（用winSCP当然也可以用secureCRT,用securCRT需要建立sftp(即上传文件的目录)，用put tomcat命令）考到ilunx对应的目录下
3，然后将项目的war包放到tomcat的webapps目录下
4，启动tomcat(命令：./startup.sh(linux下启动tomcat是.sh文件而非.bat文件))
遇到问题如下：
运行./startup.sh 是报错
-bash: ./startup.sh: Permission denied
原因：没有运行.sh的权限
解决：chmod 777 *.sh
755 代表用户对该文件拥有读，写，执行的权限，同组其他人员拥有执行和读的权限，没有写的权限，其他用户的权限和同组人员权限一样。
777代表，user,group ,others ,都有读写和可执行权限。
获得权限后再运行./startup.sh命令时报错：
This file is needed to run this program
原因：该文件需要一个运行环境（即配置jdk环境变量）
解决：JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.6.0_25/（当然这个目录根据自己的jdk安装目录）
然后在运行./startup.sh 提示：
Using CATALINA_BASE: /usr/local/sarft/apache/apache-tomcat-6.0.29
Using CATALINA_HOME: /usr/local/sarft/apache/apache-tomcat-6.0.29
Using CATALINA_TMPDIR: /usr/local/sarft/apache/apache-tomcat-6.0.29/temp
Using JRE_HOME: /usr/java/jdk1.6.0_25/
Using CLASSPATH: /usr/local/sarft/apache/apache-tomcat-6.0.29/bin/bootstrap.jar
如果提示以上信息表明 tomcat启动成功，可以正常run了。
一、前言
前面我们已经尝过了在云服务器上部署代码的甜头了，现在主菜就要上场了，那就是将我们的 JavaWeb 项目部署到云服务器上。兴奋吧？淡定淡定~
二、项目部署
我们对于 Java Web 项目在本地机器(无论是 Windows 还是 Linux)上的部署已经了然于心了，那么对于在云服务器上部署 Java Web 项目又是如何操作的呢？ 其实很简单，还是离不开 Web 项目部署的那三点：
① 基础的 JDK 环境
② 一个 Web 服务器。如 Tomcat、JBoss
③ 一款数据库。如：mysql
对于云服务器上 Java Web 项目的部署，和平时在 Windows、Linux 下部署是一样的。最多也就是只能使用纯命令模式来操作而已，其实过程都一样。
2.1 环境准备
既然是 Java Web 项目的部署，首先自然需要配置好相关的环境罗。也就是：先在云主机上搭建好 Java 开发环境，如 OpenJDK 的安装、Tomcat 的安装、Mysql 数据库的安装。
2.2 项目部署
我们要部署 Java Web 项目，那就至少得将项目上传到云服务器。其实过程很简单，基本上也就是下面三个步骤：
① 打包上传：将项目打包成 war 文件，然后利用传到远程服务器（在Eclipse中直接将项目导出为.war文件）。
② 将 war 文件移动到 Tomcat 目录下的 webapps 下。
③ 重启 Tomcat，访问我们的项目。
在这个过程中，我们需要注意。因为一般而已，作为一个 Web 项目，我们肯定是有数据库的使用的。那么数据库部分怎么办呢？其实，只需要将我们已有的数据库转储为 sql 文件，然后将 sql 文件上传到云服务器上执行即可。以 mysql 为例，如下操作：
① 转储为 sql 脚本，并上传：先在本地将我们项目使用的数据库转为 sql 文件，上传到云服务器上 （可以利用 Navicat 将数据库转储为.sql文件）。
② 执行 sql：然后进入 mysql 中执行该 sql 文件。（若服务器装有Navicat，可直接用Navicat执行.sql文件，执行前需要选中存放表的数据库，应该与代码中数据库连接语句包含的数据库名保持一致）
其实跟本地环境是一样的，搭建好这些环境，服务器也可以看成是你的笔记本，你本地运行需要什么，服务器上就需要什么。把项目拷贝到webapps里面就行。