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Linux编程中在命令行启动另一个可执行文件或调用命令用system函数最简单了，这个函数原理是在你编写的那个程序的内部启动另一个程序或命令，从而创建一个新进程，并等待这个进程执行完毕退出。如果正常执行，system函数将返回被执行程序或命令的退出码；如果无法运行这个程序或命令，将返回错误代码127；如果是其他错误，返回-1。这个函数的原型是：
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#include stdlib.h
int system(const char *string);
参数string是将要执行的程序文件名或路径，如果是启动一个命令就是一个命令字符串。
还有一种执行外部程序的方法是exec系列函数，一般是在fork的子进程里面调用exec系列函数，那主进程里直接调用exec系列不行吗，为什么要fork再在子进程里调用呢？因为exec系列的函数（包括execl函数）都是将当前进程替换成新进程，也就是说新进程启动后原来的进程就不存在了，exec系列函数后面的那些代码就不会再执行了。如果你不放在fork子进程里面，那主进程在执行execl函数后就完全不存在了，所以exec系列函数的使用都是先fork然后在子进程里面调用。因为exec系列函数都要使用fork调用，所以我一般是用system函数。
Java可以通过Runtime调用Linux命令，形式如下：
Runtime.getRuntime().exec(command)
但是这样执行时没有任何输出，因为调用Runtime.exec方法将产生一个本地的进程，并返回一个Process子类的实例（注意：Runtime.getRuntime().exec（command）返回的是一个Process类的实例）该实例可用于控制进程或取得进程的相关信息。
由于调用Runtime.exec方法所创建的子进程没有自己的终端或控制台，因此该子进程的标准IO（如stdin,stdou,stderr）都通过Process.getOutputStream()，Process.getInputStream()，Process.getErrorStream()方法重定向给它的父进程了。
用户需要用这些stream来向子进程输入数据或获取子进程的输出，下面的代码可以取到linux命令的执行结果：
try{
String[]cmd=newString[]{”/bin/sh”,“-c”,”ls“};
Processps=Runtime.getRuntime().exec(cmd);
BufferedReaderbr=newBufferedReader(newInputStreamReader(ps.getInputStream()));
StringBuffersb=newStringBuffer();
Stringline;
while((line=br.readLine())!=null){
sb.append(line).append(”\n”);
}
Stringresult=sb.toString();
System.out.println(result);
}catch(Exceptione){
e.printStackTrace();
}
目的：用Python做出全自动化的pipline，用于rrbs
最近有个需求就是页面上执行shell命令，第一想到的就是os.system，
os.system('cat /proc/cpuinfo')
但是发现页面上打印的命令执行结果 0或者1，当然不满足需求了。
尝试第二种方案 os.popen()
output = os.popen('cat /proc/cpuinfo')printoutput.read()
通过 os.popen() 返回的是 file read 的对象，对其进行读取 read() 的操作可以看到执行的输出。但是无法读取程序执行的返回值）
尝试第三种方案 commands.getstatusoutput() 一个方法就可以获得到返回值和输出，非常好用。
(status, output) = commands.getstatusoutput('cat /proc/cpuinfo')printstatus, output
Python Document 中给的一个例子，
import commands commands.getstatusoutput('ls /bin/ls')
(0, '/bin/ls') commands.getstatusoutput('cat /bin/junk')
(256,'cat: /bin/junk: No such file or directory') commands.getstatusoutput('/bin/junk')
(256,'sh: /bin/junk: not found') commands.getoutput('ls /bin/ls')'/bin/ls' commands.getstatus('/bin/ls')'-rwxr-xr-x 1 root 13352 Oct 14 1994 /bin/ls'
最后页面上还可以根据返回值来显示命令执行结果。
首先，命令应该是好和其他两个区分开来的了，因为命令都是可以直接敲在shell上面回车执行的，而系统调用和库函数都不行；
其次，百Linux系统调用和C库函数都是函数的形式，即都是“func(args)”的形式，但系统调用是
由系统内核对外提供的服务接口；C库函数和你自己写的普通的函数没有本质的区别，只是在度C标准库中而已，Linux上面glibc就是C函数库。从表专面上看两者不太好区分，不过，你可以从它们需要包含的头文件来区分，C库函数像printf在stdio.h中，std就是标准（standard)的缩写形式，因此在stdxxx.h中的函数，基本都是C库函数；像
ssize_t
read(int
fd,
void
*buf,
size_t
count);这样很多的系统调用是包含在unistd.h中的，unistd意思是UNIX
Standard，从这个意义就可以区分了。
希望对你有所帮助，如还有问题，可随属时联系我:-)