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我想了一下，但是得有一个前提，就是第一个json数组的size必须和第二个json数组的size相同，并且一一对应，否则将造成数组溢出。
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如果是基于上面这个前提，那么实现的方法就简单了。
操作json对象，其实标准的方法是将实体类转换成json后再操作，我这里的话为了便捷直接使用谷歌的Gson来创建JsonObject了，其他的json依赖还有阿里巴巴的FastJson等等，看你平时用什么习惯。
引入Gson依赖：
dependency
groupIdcom.google.code.gson/groupId
artifactIdgson/artifactId
version2.8.0/version
/dependency
实现代码：
public class Main {
public static void main(String[] args) {
JsonArray jsonArray1 = new JsonArray();
JsonObject json11 = new JsonObject();
json11.addProperty("数据1", "0000");
json11.addProperty("数据2", "1111");
JsonObject json12 = new JsonObject();
json12.addProperty("数据1", "0000");
json12.addProperty("数据2", "1111");
JsonObject json13 = new JsonObject();
json13.addProperty("数据1", "0000");
json13.addProperty("数据2", "1111");
jsonArray1.add(json11);
jsonArray1.add(json12);
jsonArray1.add(json13);
System.out.println(jsonArray1);
JsonArray jsonArray2 = new JsonArray();
JsonObject json21 = new JsonObject();
json21.addProperty("数据3", "6666");
JsonObject json22 = new JsonObject();
json22.addProperty("数据3", "6666");
JsonObject json23 = new JsonObject();
json23.addProperty("数据3", "6666");
jsonArray2.add(json21);
jsonArray2.add(json22);
jsonArray2.add(json23);
System.out.println(jsonArray2);
//遍历json数组，按位取出对象
for (int i = 0; i jsonArray1.size(); i++) {
JsonObject json1 = jsonArray1.get(i).getAsJsonObject();
JsonObject json3 = jsonArray2.get(i).getAsJsonObject();
//遍历数据3内容，通过Entry获取数据3的key和value，并合并到数据1中
for (Map.EntryString, JsonElement item : json3.entrySet()) {
json1.addProperty(item.getKey(), item.getValue().getAsString());
}
}
System.out.println(jsonArray1);
}
}
整体思路为：遍历两个json数组，按位进行合并操作。合并时，遍历数据3的jsonObject，获取其key和value，并将其合并到数据1中即可。
运行结果：
使用原生的解析：
String json = "...";
//遍历数组里的值，得到每个独立的对象，然后获取对应的值设置到声明好的对象中，最终创建对象完成后添加到集合中，如我自己代码里的片段:
for (int j = 0; j array.length(); j++) {
obj = array.getJSONObject(j);
Data data = new Data();
mDataList.add(data);
}
数组声明
在数组的声明格式里，“数据类型”是声明数组元素的数据类型，可以是java语言中任意的数据类型，包括简单类型和结构类型。“数组名”是用来统一这些相同数据类型的名称，其命名规则和变量的命名规则相同。
数组声明之后，接下来便是要分配数组所需要的内存，这时必须用运算符new，其中“个数”是告诉编译器，所声明的数组要存放多少个元素，所以new运算符是通知编译器根据括号里的个数，在内存中分配一块空间供该数组使用。利用new运算符为数组元素分配内存空间的方式称为动态分配方式。
以上内容参考：百度百科-数组
工具/原料
安装有eclipse软件的电脑一台
方法/步骤
1
首先我们在eclipse中创建一个java工程，在java工程中创建一个HelloWorld的类，在这个java的入口程序中，我们来创建一个json字符串，并且打印出来，如下图：
2
将我们刚刚创建的json字符串打印出来如下所示，可以看出这个json包含了一个大json对象，大json对象里面又包含一个json数组，一个数组里面又包含三个json对象，如下图：
3
在java中我们要解析json数组必须借助第三方包，所以这里我们加载一下第三方包，首先我们将鼠标移动到项目名称上面去，然后右键召唤出右键快捷菜单，然后依次点击Build Path-Configure Build Paht...，如下图：
4
然后我们按照图中红色方框所示点击Libraries,然后点击Add Library...，如下图所示：
5
然后我们继续按照图中所示点击User Library，然后点击Next，如下图：
6
然后我们继续按照图中红色方框所示点击User Libraries...，如下图：
7
然后我们点击New...，来开始创建我们自己的libraries，如下图：
8
然后我们输入我们自己jar库的名字，这里我使用了jsonjar作为我们的名字，如下图：
9
接下来为我们的jar库添加jar包，我们按照下图中红色方框所示点击“Add External JARs”,如下图：
10
我们添加json相关的jar包，这里涉及json的第三方包主要包括这七个，所以我们把这七个包都引入到我们自己的jar库中去，如下图：
11
返回到User Libraries中发现，我们已经引入了所有的jar包，如下图：
我们按照下图中红色方框所示画勾，然后点击finish，如下图：
然后我们按照图中红色边框所示点击Apply，然后点击OK，如下图：
回到我们的工程中，从工程目录中我们可以看到，我们已经添加了自己的名字为jsonjar的jar库，如下图：
接下来我们回到程序中，在头部添加“import net.sf.json.JSONArray;import net.sf.json.JSONObject;”这两句代码，这两句表示引入了解析json的对象和数组的包，如下图：
然后我们通过代码“JSONObject.fromObject(json_array)”来将我们之前创建的json字符串转换成json对象，并且通过键值对的方式打印出json对象名字为“employees”的值，如下图：
打印出的名字为“employees”的json对象的值如下图是一个数组字符串，如下图：
接下来我们通过代码“jsonobj.getJSONArray("employees")”来将获取的数组字符串转变成为json组数，如下图：
并且我们打印出json数组的长度，可见程序计算的json数组的长度和我们实际的数组长度相一致，如下图：
接下来我们通过一个for循环将我们获取的json数组中的值依次取出来，由于数组中又包含3个对象，我们又需要将3个对象使用代码“JSONObject.fromObject(jsonarr.get(i));”将得到的对象字符串变成对象然后再取出来，如下图：
最后，我们将json数组的所有内容都展示到控制台，这样我们就可以使用java通过第三方json包来解析json数组了，如下图：