安装准备
10年积累的成都做网站、成都网站建设经验,可以快速应对客户对网站的新想法和需求。提供各种问题对应的解决方案。让选择我们的客户得到更好、更有力的网络服务。我虽然不认识你,你也不认识我。但先网站制作后付款的网站建设流程,更有龙岗免费网站建设让你可以放心的选择与我们合作。cmake2.8.8 or later
C,C++
3.gromacs包
http://www.gromacs.org/Downloads
安装步骤
tar xfz gromacs.tar.gz
cd gromacs
mkdir build
cmake ../
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs 指定安装目录
-DGMX_BINARY_SUFFIX=_5.0.7_s 指定执行文件后缀 默认为gmx(串行单精度),gmx_mpi(并行单精度),gmx_mpi_d(并行双精度)
-DGMX_LIBS_SUFFIX=_5.0.7_s 库文件后缀
-DGMX_MPI=ON 使用mpich编译器build
-DGMX_OPENMP=ON 使用openmpi编译器build
-DGMX_SIMD=None specify the level of SIMD support of the node on
which mdrun will run
-DGMX_X11=ON
-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF 关掉默认后缀
-DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc 指定C++编译器
-DCMAKE_C_COMPILER=icc 指定C编译器
-DBUILD_SHARED_LIBS=ON 构建共享库
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_BUILD_OWN_FFTW_MD5=2edab8c06b24feeb3b82bbb3ebf3e7b3 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW_URL=/backup/fftw-3.3.4.tar.gz -DGMX_GPU=OFF -DGMX_DOUBLE=ON 打开双精度默认单精度
CUDA版需加参数
-DGMX_GPU=ON -DGMX_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda
2>&1 | tee cmake.log
make && makeinstall
gromacs4.6.7及之前版本执行文件有100多个,在gromacs5.0到5.0.7之间应该是想逐步对执行命令进行集成,所有的命令都作为gmx命令的软链接出现,在5.1版本之后就只有gmx一个命令了
cpu版测试命令
source /opt/software/gromacs-XXX/bin/GMXRC.bash ###环境变量
mpirun -np 4 gmx_XXX_s mdrun -s md.tpr -ntomp 1
cuda版测试命令待更新
另外有需要云服务器可以了解下创新互联scvps.cn,海内外云服务器15元起步,三天无理由+7*72小时售后在线,公司持有idc许可证,提供“云服务器、裸金属服务器、高防服务器、香港服务器、美国服务器、虚拟主机、免备案服务器”等云主机租用服务以及企业上云的综合解决方案,具有“安全稳定、简单易用、服务可用性高、性价比高”等特点与优势,专为企业上云打造定制,能够满足用户丰富、多元化的应用场景需求。