189 8069 5689
这篇文章跟大家分析一下“环状RNA数据库circBase怎么理解”。内容详细易懂，对“环状RNA数据库circBase怎么理解”感兴趣的朋友可以跟着小编的思路慢慢深入来阅读一下，希望阅读后能够对大家有所帮助。下面跟着小编一起深入学习“环状RNA数据库circBase怎么理解”的知识吧。
站在用户的角度思考问题，与客户深入沟通，找到渭滨网站设计与渭滨网站推广的解决方案，凭借多年的经验，让设计与互联网技术结合，创造个性化、用户体验好的作品，建站类型包括：成都网站设计、网站制作、企业官网、英文网站、手机端网站、网站推广、空间域名、网站空间、企业邮箱。业务覆盖渭滨地区。
circBase是一个环状RNA的数据库,收录了人类,小鼠等多个物种的环状RNA信息，采用了find_circ软件来预测去核糖体文库中的环状RNA,该数据库的 网址如下
http://www.circbase.org/
在该数据库中,环状RNA的ID以物种的三字母缩写开头，比如hsa_circ_0018046,记录了circRNA的头尾在染色体上的为位置，来源基因，序列等信息。通过以下3种方式可以检索该数据库
在主页的检索框中，可以根据环状RNA的ID, 来源基因的名称，转录本名称等多种方式进行检索
检索结果示意如下
软件通过检测覆盖连接点两侧的reads来识别环状RNA,对于一个环状RNA,只能够给出其头尾在染色体上的位置和正负链信息, 检索结果中的genomic length对应的就是基因组上环状RNA头尾之间的长度。
同时还提供了环状RNA对应的染色体区域上的重复元件和基因组特征的注释。
对于环状RNA的序列信息，根据头尾的染色体位置去和已知的转录本进行比较，选择一个最佳的转录本，即best transciprt作为参照，然后确定剪切之后环状RNA的序列，从而得到spliced length。 需要注意的是，这种方式得到的序列只是一个生信预测的结果，后续还是需要实验手段来验证的。
检索结果支持导出xlsx, txt, csv等多种格式，也可以导出环状RNA的序列,示意如下
支持导出基因组序列和剪切之后的序列，还可以向上下游延伸。
通过导航栏的list search, 可以依次检索多条记录，示意如下
选择对应的物种，然后输入多个需要检索的ID即可。
和UCSC的table browser类似，提供了更加灵活的筛选策略，检索框示意如下
通过blat按钮,可以输入fasta格式的查询序列，然后和数据库中的circRNA序列进行比较，示意如下
查询结果如下所示
该数据库是免费下载的，可以下载物种对应的环状RNA的列表，也可以下载对应的序列，同时还提供了find_circ软件的源代码，可以用于分析自己的测序数据中的circRNA。
关于环状RNA数据库circBase怎么理解就分享到这里啦，希望上述内容能够让大家有所提升。如果想要学习更多知识，请大家多多留意小编的更新。谢谢大家关注一下创新互联网站！