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这个不是数据库路径错误，是你要include的文件路径有误。
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你的include/common/prepare.inc.php的166行，inclde_once('include/common/functions.inc.php')，
程序会从include/common/这个位置去相对的include/common/去找,
即include/common/include/common/，确认你这个目录存在吧？
也可能不一定是include/common/include/common/，会受你php设置影响，php.ini里可以设置include_path，让程序在“当前”目录的相对位置找不到后，可以再到include_path指定的目录下去找。
值得注意的是，如果你是用firstcgi来跑php的话，注意这个路径问题，它不是相对写一行代码的程序的文件目录的，而是相对脚本起始文件的路径，
看你include/common/prepare.inc.php文件里写include_once(include/common/function.inc.php)估计就是这样的情况，include/common/prepare.inc.php是被站点根目录下的文件include的，所以运行是正常的，当其他目录的文件再include这个prepare.inc.php时，就会出现楼主所说的错误提示。
一般看readme.txt就OK，如果不明白里面说的，你试试这个：源码包里面应该有install.php文件的，先在MYSQL建立需要的数据库（只要建立个空的就OK啦，数据库名在包里那些PHP文件里找的到！），然后运行install.php，完成mysql数据库的完善，注意可能会提示你输入数据库的用户名和密码，一般为localhost root ，密码自己的机器自己知道。
做完这些，就OK啦，可以运行index.php 啦！！！
?php
$mysql_server_name='localhost';
$mysql_username='root';
$mysql_password='12345678';
$mysql_database='mycounter';
$conn=mysql_connect($mysql_server_name,$mysql_username,$mysql_password,$mysql_database);
$sql='CREATE DATABASE mycounter DEFAULT CHARACTER SET gbk COLLATE gbk_chinese_ci;
';
mysql_query($sql);
$sql='CREATE TABLE `counter` (`id` INT(255) UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT ,`count` INT(255) UNSIGNED NOT NULL DEFAULT 0,PRIMARY KEY ( `id` ) ) TYPE = innodb;';
mysql_select_db($mysql_database,$conn);
$result=mysql_query($sql);
//echo $sql;
mysql_close($conn);
echo "Hello!数据库mycounter已经成功建立！";