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在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
当我们关机或者重启时，都应该先执行以下 sync 指令，把内存的数据写入磁盘，防止数据丢失。
命令： cd [相对路径或绝对路径]
命令： ls [-al]
命令： mkdir [-p] 目录
-p 父目录不存在情况下先生成父目录
命令： rm [-rf] 目录
-r 递归 -f 强制
两个一起用你可以删掉世界（很暴力很血腥，危险的命令）
命令： echo [选项] [输出内容]
命令： head 文件
tail ：指定行数或者动态查看
命令： touch 文件名
命令： rm -rf 文件名
vi是linux中最经典的文本编辑器，vi一共有3种工作模式，分别是正常模式，编辑模式(插入模式)，命令行模式：
- 命令： vi 文件名 或 vim 文件名 都可进入vi编译器进行文件的编译
---首先输入 vi 文件名 进入的是正常模式
---正常模式--编辑模式：按 i o a 任意一个键
---正常模式--命令行模式：按 :
---编辑模式--命令行模式：按 Esc
vi编译器快捷键的使用
1.拷贝当前行 yy,拷贝当前行向下的5行 5yy,并粘贴 p;
2.删除当前行 dd,删除当前行向下的5行 5dd;
3.在文件中查找某个单词（命令行模式下）/关键字 ，回车进行查找，输入 n 查找下一个
4.设置文件的行号，取消文件的行号（命令行模式下） :set nu 和 :set nonu
5.编辑 /etc/profile 文件，使用快捷键到底文档的最末行[G]和最首行[gg],注意这些都是在正常模 式下执行的。
6.在一个文件中输入 "hello" ,然后又撤销这个动作，再正常模式下输入 u
文件的查看命令： cat more less tail
cat ：由第一行开始显示文件内容
more ：百分比显示
less ：翻页查看
tail ：指定行数或者动态查看
命令： chmod -R 权限设置 需要更改权限的文件夹名
grep ：查找字符串
grep命令通常要和管道命令进行连用：
Linux压缩包的两种后缀格式：
- xxx.tar 打包，大小不会进行压缩
- xxx.tar.gz 打包并压缩文件大小
命令： tar
命令： du -h /目录
命令： ifconfig
命令： netstat [-anp]
命令： ping ip地址
命令： ps [-ef]
命令： kill -9 PID号
命令： service 服务名 [start | stop | restart | reload | status]
在 CentOS7.0 后 不再使用 service ,而是下面这个命令
service [start | stop | restart | reload | status] 服务名
命令： top [选项]
命令： rpm -e rpm包的名称
命令： rpm -ivh rpm包全路径名称
[图片上传失败...(image-f71252-1630371708953)]
cat命令用于查看纯文本文件(较短的)：
$ cat [选项] 文件
以下是cat命令常用的3个选项：
(1) $ cat -n 文件
-n 表示显示行号。
(2) $ cat -b 文件
-b 表示显示行号，但是不包括空行。
(3) $ cat -A 文件
-A 表示显示出不可见的符号，如空格、tab键等。
more命令用于查看纯文本文件(较长的)：
$ more [选项] 文件
more命令常用的一个参数是"- 数字"，表示预先显示的行数，默认是一页：
$ more -10 文件
head命令用于查看纯文本文档的前N行：
$ head [选项] 文件
(1) $ head -n 10 文件
这个命令表示显示文件的前10行。
(2) $ head -n -10 文件
这个命令表示正常输出，但是不显示最后的10行。
tail命令用于查看纯文本文档的后N行：
$ tail [选项] [文件]
例如，显示文件/etc/passwd的后10行：
$ tail -n 10 /etc/passwd
wc命令用于统计指定文本的行数、字数、字节数：
$ wc [参数] 文本
(1) $ wc -l 文本
-l 参数表示只显示行数。
(2) $ wc -w 文本
-w 参数表示只显示单词数。
(3) $ wc -c 文本
-c 参数表示只显示字节数。
Linux自带有两个文本编辑器：vi和nano。
使用nano编辑文件：
nano 文件名
点击Ctrl-X可以退出编辑，选择是否保存对文件的改动。
使用vi编辑文件：
vi 文件名
vi有两个模式：一个是编辑模式一个是命令模式。点击i可以从命令模式进入编辑模式，在点击esc键可以重新进入命令模式。我们一般进入编辑模式，来进行添加，修改，删除。但是当我们删除和修改的内容过多的时候，我们使用命令行模式，进行修改，这样方便，快捷，而命令行中，最常用到的是x，dd，u，p这四个命令：x:删除当前字符；dd：删除当前行；u:恢复前一步操作；p:复制之前删除的行。