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程序加密？你说的是代码加密还是数据加密。我都说一下吧。
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Java代码加密：
这点因为Java是开源的，想达到完全加密，基本是不可能的，因为在反编译的时候，虽然反编译回来的时候可能不是您原来的代码，但是意思是接近的，所以是不行的。
那么怎么增加反编译的难度（阅读难度），那么可以采用多层继承（实现）方式来解决，这样即使反编译出来的代码，可读性太差，复用性太差了。
Java数据加密：
我们一般用校验性加密，常用的是MD5，优点是速度快，数据占用空间小。缺点是不可逆，所以我们一般用来校验数据有没有被改动等。
需要可逆，可以选用base64，Unicode，缺点是没有密钥，安全性不高。
而我们需要可逆而且采用安全的方式是：对称加密和非堆成加密，我们常用的有AES、DES等单密钥和双密钥的方式。而且是各种语言通用的。
全部手动敲字，望采纳，下面是我用Javascript方式做的一系列在线加密/解密工具：
基本的单向加密算法：
BASE64 严格地说，属于编码格式，而非加密算法
MD5(Message Digest algorithm 5，信息摘要算法)
SHA(Secure Hash Algorithm，安全散列算法)
HMAC(Hash Message Authentication Code，散列消息鉴别码)
复杂的对称加密（DES、PBE）、非对称加密算法：
DES(Data Encryption Standard，数据加密算法)
PBE(Password-based encryption，基于密码验证)
RSA(算法的名字以发明者的名字命名：Ron Rivest, AdiShamir 和Leonard Adleman)
DH(Diffie-Hellman算法，密钥一致协议)
DSA(Digital Signature Algorithm，数字签名)
ECC(Elliptic Curves Cryptography，椭圆曲线密码编码学)
代码参考：
/**
* BASE64加密
*
* @param key
* @return
* @throws Exception
*/
public static String encryptBASE64(byte[] key) throws Exception {
return (new BASE64Encoder()).encodeBuffer(key);
}
/**
* MD5加密
*
* @param data
* @return
* @throws Exception
*/
public static byte[] encryptMD5(byte[] data) throws Exception {
MessageDigest md5 = MessageDigest.getInstance(KEY_MD5);
md5.update(data);
return md5.digest();
}
/**
* SHA加密
*
* @param data
* @return
* @throws Exception
*/
public static byte[] encryptSHA(byte[] data) throws Exception {
MessageDigest sha = MessageDigest.getInstance(KEY_SHA);
sha.update(data);
return sha.digest();
}
}
/**
* 初始化HMAC密钥
*
* @return
* @throws Exception
*/
public static String initMacKey() throws Exception {
KeyGenerator keyGenerator = KeyGenerator.getInstance(KEY_MAC);
SecretKey secretKey = keyGenerator.generateKey();
return encryptBASE64(secretKey.getEncoded());
}
/**
* HMAC加密
*
* @param data
* @param key
* @return
* @throws Exception
*/
public static byte[] encryptHMAC(byte[] data, String key) throws Exception {
SecretKey secretKey = new SecretKeySpec(decryptBASE64(key), KEY_MAC);
Mac mac = Mac.getInstance(secretKey.getAlgorithm());
mac.init(secretKey);
return mac.doFinal(data);
}
只给编译后的.jar文件，不给.java文件
不过要说明的是，java因为是字节码，所以没有办法防止被反编译。
最多也就是做一下代码混淆，比如把方法或变量名改成无意义的名称，或者加一些完全无用的代码进去，让恶意攻击的人难以看懂