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可以的。推荐的是使用绿盾加密，采用的是文件透明加密模块，对平常办公使用是没有影响的。而且绿盾支持与SVN等源代码管理工具无缝结合。
创新互联2013年开创至今，先为建德等服务建站，建德等地企业，进行企业商务咨询服务。为建德企业网站制作PC+手机+微官网三网同步一站式服务解决您的所有建站问题。
如果企业内部SVN服务器采取透明模式，即加密文件是可以存放在SVN服务器上的，需要达到的效果是SVN服务器上文件密文存储。则配合天锐绿盾应用服务器安全接入系统来实现只有安装了加密客户端的Windows、Linux、MAC端才能够正常的访问公司内部的SVN服务器。
如果企业内部采用eclipse、VS等开发工具，从这些开发工具将代码直接上传到SVN服务器上时会自动解密。为了避免明文、密文混乱存放导致版本比对时出现错误等问题。因此，SVN服务器上需统一存放明文文件。则通过服务器白名单功能实现对终端电脑数据进行强制透明加密，对上传到应用服务器数据实现上传自动解密、下载自动加密。再配合天锐绿盾应用服务器安全接入系统实现只有安装了加密客户端的Windows、Linux、MAC端才能够正常的访问公司内部的SVN服务器。
赛虎信息科技始终倾力为企事业单位的信息安全、绿盾数据防泄密提供一体化顾问式解决方案，为客户提供优质的内网安全管理产品和适合多种行业的应用解决方案。
如果你说的是文本加密，有很多方法，自己也可以写个字符变换程序
如果是代码加密，没用的，java就是开源。
你藏再厉害，编译+反编译，干净的源码就出来了
朋友你好，很高兴为你作答。
首先，Java加密能够应对的风险包括以下几个：
1、核心技术窃取
2、核心业务破解
3、通信模块破解
4、API接口暴露
本人正在使用几维安全Java加密方式，很不错，向你推荐，希望能够帮助到你。
几维安全Java2C针对DEX文件进行加密保护，将DEX文件中标记的Java代码翻译为C代码，编译成加固后的SO文件。默认情况只加密activity中的onCreate函数，如果开发者想加密其它类和方法，只需对相关类或函数添加标记代码，在APK加密时会自动对标记的代码进行加密处理。
与传统的APP加固方案相比，不涉及到自定义修改DEX文件的加载方式，所以其兼容性非常好；其次Java函数被完全转化为C函数，直接在Native层执行，不存在Java层解密执行的步骤，其性能和执行效率更优。
如果操作上有不明白的地方，可以联系技术支持人员帮你完成Java加密。
希望以上解答能够帮助到你。
参考资料，点这里----java加密方式：网页链接
最简单的就一个FOR循环要加密的文件 再声明一个字符串 遍历 要加密的文件和字符串进行位与操作或之类操作
类似这样-
import java.util.Arrays;
public class Test {
public static void main(String[] args) {
String str = "hello";
byte[] strCode = str.getBytes();
System.out.println("原始信息字节码："+Arrays.toString(strCode));
String key = "abcde";
byte[] keyCode = key.getBytes();
System.out.println("密钥字节码："+Arrays.toString(keyCode));
byte[] finallyCode = new byte[strCode.length];
for(int i=0;istr.length();i++){
finallyCode[i] = (byte) (strCode[i] ^ keyCode[i]);
}
System.out.println("加密后的字节码："+Arrays.toString(finallyCode));
System.out.println("加密后的字符串："+new String(finallyCode));
//============解密
for(int i=0;istr.length();i++){
finallyCode[i] = (byte) (finallyCode[i] ^ keyCode[i]);
}
System.out.println("解密后的字节码："+Arrays.toString(finallyCode));
System.out.println("解密后的字符串："+new String(finallyCode));
}
}
可以使用Virbox Protector Standalone 加壳工具对java的class类进行加密，支持各种开发语言的程序加密。可防止代码反编译，更安全，更方便
产品简介
Virbox Protector Standalone提供了强大的代码虚拟化、高级混淆与智能压缩技术，保护您的程序免受逆向工程和非法修改。
Virbox Protector Standalone 将被保护的程序代码转换为虚拟机代码，程序运行时，虚拟机将模拟程序执行，进入和离开虚拟机都有高级代码混淆。虚拟机配合代码混淆可以达到很好的保护效果，尤其是开发者的私有逻辑。高级混淆利用花指令和代码非等价变形等技术，将程序的代码，转换成一种功能上等价，但是难于阅读和理解的代码，可充分干扰静态分析。应用程序的解压缩含有动态密码，让一切自动脱壳工具失效，有效的阻止.Net、PE 程序的直接反编译。
特点
多种加密策略：代码虚拟化、高级混淆、智能压缩
性能分析：智能分析引擎，一键分析各个函数模块调用的次数
支持多种开发语言：多种开发语言加壳支持
源码级保护：保护到汇编级别，c#保护IL级别
免费更新：免费版本升级