189 8069 5689
cat file.csv | awk -F '\t' '{print $2}'
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'\t'指的是file.csv不同列以'\t'分割，如果的是以其他符号分割，换成其她符号；
'{print $2}'是指取第2列，此处从1开始计数，第1列，第2列；
一般去重之前要进行排序
cat file.csv | awk -F '\t' '{print $2}' | sort | uniq
前半部分与命令1一样，后面加上| sort | uniq
比如通过命令2发现，第2列取值有两种，分别是'neg'和‘pos’，那么我想知道有多少行的第2列取值为'pos'，多少行的第2列取值为'neg'。
cat file.csv | awk -F '\t' '{print $2}' | grep -o 'neg'| wc -l
前半部分与命令1一样，后面加上 | grep -o 'neg'| wc -l
grep -o 'neg'就是取出取值为'neg'的行
wc -l 是计数有多少行
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
利用linux命令行进行文本按行去重并按重复次数排序linux命令行提供了非常强大的文本处理功能，组合利用linux命令能实现好多强大的功能。本文这里举例说明如何利用linux命令行进行文本按行去重并按重复次数排序。主要用到的命令有sort，uniq和cut。其中，sort主要功能是排序，uniq主要功能是实现相邻文本行的去重，cut可以从文本行中提取相应的文本列(简单地说，就是按列操作文本行)。用于演示的测试文件内容如下：[plain]Hello
World.
Apple
and
Nokia.
Hello
World.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
The
Iphone
of
Apple
company.
Hello
World.
The
Iphone
of
Apple
company.
My
name
is
Friendfish.
Hello
World.
Apple
and
Nokia.
实现命令及过程如下：[plain]1、文本行去重
(1)排序
由于uniq命令只能对相邻行进行去重复操作，所以在进行去重前，先要对文本行进行排序，使重复行集中到一起。
$
sort
test.txt
Apple
and
Nokia.
Apple
and
Nokia.
Hello
World.
Hello
World.
Hello
World.
Hello
World.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
My
name
is
Friendfish.
The
Iphone
of
Apple
company.
The
Iphone
of
Apple
company.
(2)去掉相邻的重复行
$
sort
test.txt
|
uniq
Apple
and
Nokia.
Hello
World.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
My
name
is
Friendfish.
The
Iphone
of
Apple
company.
2、文本行去重并按重复次数排序
(1)首先，对文本行进行去重并统计重复次数(uniq命令加-c选项可以实现对重复次数进行统计。)。
$
sort
test.txt
|
uniq
-c
2
Apple
and
Nokia.
4
Hello
World.
1
I
wanna
buy
an
Apple
device.
1
My
name
is
Friendfish.
2
The
Iphone
of
Apple
company.
(2)对文本行按重复次数进行排序。
sort
-n可以识别每行开头的数字，并按其大小对文本行进行排序。默认是按升序排列，如果想要按降序要加-r选项(sort
-rn)。
$
sort
test.txt
|
uniq
-c
|
sort
-rn
4
Hello
World.
2
The
Iphone
of
Apple
company.
2
Apple
and
Nokia.
1
My
name
is
Friendfish.
1
I
wanna
buy
an
Apple
device.
(3)每行前面的删除重复次数。
cut命令可以按列操作文本行。可以看出前面的重复次数占8个字符，因此，可以用命令cut
-c
9-
取出每行第9个及其以后的字符。
$
sort
test.txt
|
uniq
-c
|
sort
-rn
|
cut
-c
9-
Hello
World.
The
Iphone
of
Apple
company.
Apple
and
Nokia.
My
name
is
Friendfish.
I
wanna
buy
an
Apple
device.
下面附带说一下cut命令的使用，用法如下：[plain]cut
-b
list
[-n]
[file
...]
cut
-c
list
[file
...]
cut
-f
list
[-d
delim][-s][file
...]
上面的-b、-c、-f分别表示字节、字符、字段（即byte、character、field）；
list表示-b、-c、-f操作范围，-n常常表示具体数字；
file表示的自然是要操作的文本文件的名称；
delim（英文全写：delimiter）表示分隔符，默认情况下为TAB；
-s表示不包括那些不含分隔符的行（这样有利于去掉注释和标题）
三种方式中，表示从指定的范围中提取字节（-b）、或字符（-c）、或字段（-f）。
范围的表示方法：
n
只有第n项
n-
从第n项一直到行尾
n-m
从第n项到第m项(包括m)
-m
从一行的开始到第m项(包括m)
-
从一行的开始到结束的所有项
在写这篇文章的时候，用到了vim的大小写转化的快捷键：gu变小写，gU变大写。结合ctrl+v能够将一片文字中的字符进行大小写转换，非常好用。
uniq 对排序好的内容进行去重
-c 显示输出中，在每行行首加上本行在文件中出现的次数。