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先在服务里停止mysql的服务器
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再找到mysql安装目录下面的my.ini文件，把里面的端口号3306替换成其它的端口号。
重启mysql服务。
一般情况下都在安装目录下，如果不再的话，就找一下c:\windows、c:\windows\system32下面或者使用windows的搜索功能找一下my.ini。
例如我的在：D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.1\my.ini
如果是XAMPP安装方式的就在xampp\mysql目录下的相关.ini文件。
修改下面两个地方：[client]
port=3306
[mysqld]
# The TCP/IP Port the MySQL Server will listen onport=3306
然后将3306改为你想要的端口号
备注：有两个"port=3306"，都需要改
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如果提示修改不了可能需要把相关软件和服务先停掉，win7的可能要以管理员方式打开，修改后要重启服务才起作用。
在windows下一般是更改mysql安装目录的my.ini文件，把里面那个port=3306更改你想要的端口 在Linux下，一般是更改/etc/my.cnf文件，把里面那个port=3306更改你想要的端口 这样更改完端口，重启下服务就可以。这更改后的端口最好是1024后面的端口...
1、首先，进入到控制台下，下图是我用了putty工具，远程实现的控制。之后输入“netstat -an | grep 3306”即可查看是否开启，如下图只显示listen则标识未开启。
2、之后，通过cd命令进入到etc/mysql目录下。然后输入ls命令，即可看到该目录下的文件。
3、文件中会看到有my.cnf。通过“vi my.cnf”命令进入到编辑的状态下。
4、之后，把“bind-address =127.0.0.1”注释掉或者换成需要远程连接的ip地址，或者是直接把这句删除掉，然后，进行保存即可。
1、使用nestat命令查看3306端口状态：
~# netstat -an | grep 3306
tcp 0 0 (服务器本地ip地址):3306 0.0.0.0:* LISTEN
从结果可以看出3306端口只是在(服务器本地ip地址)上监听，所以拒绝了其他IP的访问。
2、确定问题时因为3306端口没有开放，那么就需要修改MySQL的配置文件来解决：
使用命令 vim/etc/mysql/my.cnf打开MySQL配置文件，可以看到如下配置信息：
#Instead of skip-networking the default is now to listen only on
# localhost which is more compatible and is not less secure.
bind-address = (服务器本地ip地址)
把最后一行注释掉或者把(服务器本地ip地址)换成你希望的IP
3、使用命令 service mysql restart重启MySQL服务
4、再次使用Navicat用root账户尝试连接，发现可以正常连接
打开mysql配置文件my.ini或my.cnf找到port = 3306 把3306修改成你需要的端口，然后重启mysql就好了