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把echo $mystring 放在if外面输出一次看看结果。
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我觉得应该是你查询出来的结果有乱码或是错误。
如楼上所说，如果是有乱码的话，在连接数据库之后使用 mysql_query("set names ".$charset); 或是在类中加入这样一个内部方法
还有，把所用到的字符串都在if外面输出一次，看看是不是和你想象的结果一致。
判断条件真使用 if($pos) 就可以了。
strpos——查找字符串第一次出现的位置
strpos(string \$haystack, mixed \$needle, int \$offset = 0):int
返回needle在haystack中首次出现的数字位置
offset（7.1.0开始支持负数的 offset。）
如果提供了此参数，搜索会从字符串该字符数的起始位置开始统计。 如果是负数，搜索会从字符串结尾指定字符数开始 。
返回值：
返回 needle 存在于 haystack 字符串起始的位置(独立于 offset)。同时 注意字符串位置是从0开始，而不是从1开始的 。
如果没找到 needle，将返回 false。
注意：
你的问题可能是数据库连接时未指定字符集：$conn-query("set names utf8");
详细如下：
将中文字符转换一下，可能你的网页编码是ansi非utf-8的：
$w=iconv("gb2312","utf-8",$w);
不过我不确定这样做你能否成功。关于字符有以下几点你看下：
数据库连接时： $conn-query("set names gbk");
数据库的字符集：建议建立数据库时就指定字符集，比如gbk或者utf-8,这样你就没必要为单独的表或者字段指定字符集
网页字符：META CONTENT="text/html; charset=gbk" HTTP-EQUIV="Content-Type" /
保持着三者使用的字符集一样，基本能解决你的问题。
当然，在使用ajax时。js传递过来的是utf-8,如果你的php文件和数据库使用的是中文字符集如gbk,gb2312,那么就需要对该值用iconv函数转换下字符集，如：$w=iconv("utf-8","gb2312",$w);
总之，需要这几块的字符集保持一致。
?php
$str="abf%a%fsdeghf%b%uikjkfdsl%c%fjdskyifio";
for($i=0;$istrlen($str);$i++)
{
if($str[$i]=='%')
{
$position[]=$i; //存储找到的位置信息
echo "位置:$i ";
}
}
//最终数据存在 $position 数组
?
5000多个不算多，直接保存到数据库中。
在保存的时候，可以保存部分，比如，只保存baidu，或baidu.com
这样数据检索的时候会更快。