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升级要备份好重要的文件,如参数文件，重建my.cnf文件。
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1. 停数据库，备份数据（备份物理文件）
2. 将新版本mysql的数据目录指向到旧目录（datadir）
3. 启动mysqld时使用skip grant tables 参数避开系统检查，
# 例如
/usr/local/mysql/bin/mysqld --datadir=/var/data/ --user=mysql --skip-grant-tables
4. 执行mysql_upgrade，这时应该就会顺利进行下来了
或者只升级授权表，mysql_fix_privilege_tables（推荐） 或 mysql_fix_privilege_tables.sql 脚本执行
5. 停止mysqld
6. 按照原来的my.cnf运行正常服务（这一步失败很可能由于参数不兼容引起，比如bdb相关的所有参数5.1开始都不再支持，总之这一步很容易处理）
7. 检查表有没有问题，比如执行mysqlcheck --all-databases 等等
1.导出5.0.17当前数据库数据，进行备份。
2.安装5.0.27进行备份数据导入。
3.具体操作
Windows中升级MySQL应采取的步骤：
1. 进行升级前你应先备份当前的MySQL安装。
2. 下载最新Windows版MySQL。
3. 升级MySQL前，必须停止服务器。
如果服务器安装为服务，必须在命令提示符下在命令行中用下面的命令停止服务：
C：\ NET STOP MYSQL如果MySQL服务器不是服务，使用下面的命令停止服务器：
C：\ C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.1\bin\mysqladmin -u root shutdown4.
4.当从以前至的4.1.5版本升级到MySQL 5.1时,或从Zip文件安装的MySQL升级到MySQL Installation Wizard(安装帮助)安装的MySQL时，你必须手动卸载前面安装的MySQL服务。
要想卸载MySQL服务，使用下面的命令：
C：\ C:\mysql\bin\mysqld --remove
如果你不想卸载已有的服务，MySQL Installation Wizard(安装帮助)则不会正确安装新的MySQL服务。
5. 如果你使用MySQL Installation Wizard(安装帮助)，请参考“使用MySQL安装向导”的描述来启动帮助。
6. 如果用Zip文件安装MySQL，应提取文件。你可以覆盖已有的MySQL安装(通常位于C：\mysql)，或将它安装到其它目录，例如 C：\mysql4。建议覆盖原有的安装。
7. 重新启动服务器。如果你运行MySQL服务，则使用NET START MySQL，还可以直接调用mysqld。
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1、概述通常，从一个发布版本升级到另一个版本时，我们建议按照顺序来升级版本。例如，想要升级 MySQL 3.23 时，先升级到 MySQL 4.0，而不是直接升级到 MySQL 4.1 或 MySQL 5.0。 以下是在升级 MySQL 时需要注意的事项： 仔细阅读一下升级的目标版本的新特性和改变的特性，以及2个版本之间的不同特性 升级前一定要备份所有的数据 如果是在Windows平台上升级MySQL，请阅读附录 "在Windows平台上升级MySQL" 有些不同版本间的升级可能会涉及对授权表的修改，请尤其注意这个问题，详情请阅读附录 "升级授权表" ◆如果正在运行着同步，请阅读附录 "升级同步" ◆如果之前运行着MySQL-Max发布版本，想要升级到非MySQL-Max发布版本时，就需要从 mysqld_safe 去掉启动 mysqld-max 服务器的参数 在同一个发布系列版本的MySQL间，可以随意拷贝格式文件和数据文件。如果在MySQL运行过程中改变了字符集，就需要对每个MyISAM表执行 "myisamchk -r -q --set-character-set=charset" 命令修复一下。否则的话，索引的排序可能不正确，因为修改了字符集，就可能会改变索引的顺序。 通常情况下，升级到新版本不需要修改任何数据表。请检查MySQL发布事项中提到的升级需要注意的地方，如果发现不能直接升级的话，就先用 mysqldump 将数据导出来，然后再导回去。 如果担心升级失败，就先把旧版本的MySQL改个名字备份起来，以备所需。 同时，升级完之后可能还需要重新编译跟MySQL相关的程序，因为新版本的头文件和库文件可能有改变了。 如果升级后发生问题了，请先检查是否使用了旧的my.cnf配置文件，可以通过执行命令 "mysqld --print-defaults" 来打印出各种配置信息来确认。 升级的时候最好也升级类似Perl的 DBD::mysql 模块，同样，对PHP和Python而言也是一样。 2、从 MySQL 5.0 升级到 MySQL 5.1 从 5.0 升级到 5.1 的时候，必须要升级授权表。否则，可能某些存储过程无法运行。详情请看附录 "mysql_update MySQL升级时检查数据表"。 以下是从 5.0 升级到 5.1 需要注意的事项： 检查所有的变化，尤其注意那些标志为 "不兼容的变化" 的部分。详情请看附录 "mysql_update MySQL升级时检查数据表" ◆可能某些发布版本会改变授权表的机制
是你的MYSQL路径设置错了....
注意大小写的区分，比如你的MYSQL安装包是大写的 。
而你的PHP 配置路径 mysql 小写 那么就会产生这样的问题.
建议你重新安装PHP 和 MYSQL
如果你要整体整合apache2 mysql5.0 php5
在编译之前还有升级一些支持库
执行命令：# yum install ntp vim-enhanced gcc gcc-c++ gcc-g77 flex bison autoconf automake bzip2-devel ncurses-devel libjpeg-devel libpng-devel libtiff-devel freetype-devel pam-devel kernel
我给写个PHP和MYSQL的编译过程.
这里要注意的是，需要先安装mysql才能装PHP
[mysql] 安装路径： /usr/local/mysql //数据库目录你可以自己设置
比如你需要安装的MYSQL为：mysql-5.0.45-linux-i686.tar.gz
将mysql-5.0.45-linux-i686.tar.gz 放到 /usr/local/src 下
#cd /usr/local/src
#tar -zvxf mysql-5.0.45-linux-i686.tar.gz
#mv mysql-5.0.45/ /usr/local/mysql //移动
#groupadd mysql //创建mysql用户组
#cd /usr/local/mysql
#useradd -g mysql mysql //创建 mysql用户
#chown -R mysql . //注意后面有个 “.”
#chgrp -R mysql .
#scripts/mysql_install_db --user=mysql //初始化数据库
#chown -R root . //给root 最高权限
#chown -R mysql data //让mysql 对data [数据库]有最高权限
#cp ./support-files/mysql.server /etc/rc.d/init.d/mysqld
// 让mysql服务随系统启动
#chown root:root /etc/rc.d/init.d/mysqld //让root有启动权限.
#chmod 755 /etc/rc.d/init.d/mysqld
#cp ./support-files/my-huge.cnf /etc/my.cnf //移动配置文件.
#mv /usr/local/mysql/data /var/lib/mysql //这一步是移动数据库。你也可以不需要执行这一步.....如果安装出错，最好不要执行这一步，因为数据库权限经常会引起mysql运行不稳定
#bin/mysqld_safe --user=mysql //连接数据库，如果安装成功.
会有如下提示：Starting mysqld daemon with databases from /var/lib/mysql //后面那是数据库路径
[PHP] 安装路径： /usr/local/php
#cd 到安装包所在目录
# tar xjvf 你的PHP版本文件名
# cd php-X.X.X //这里就是你解压后的那个目录名
值得注意的是php的安装需要一些库.
就是：libxml gd2
# ./configure \
"--prefix=/usr/local/php" \
"--with-apxs2=/usr/local/apache2/bin/apxs" \
"--with-config-file-path=/usr/local/php/etc" \
"--with-mysql=/usr/local/mysql" \
"--with-libxml-dir=/usr/local/libxml2" \
"--with-gd=/usr/local/gd2" \
"--with-jpeg-dir" \
"--with-png-dir" \
"--with-bz2" \
"--with-freetype-dir" \
"--with-iconv-dir" \
"--with-zlib-dir " \
"--with-openssl=/usr/local/openssl" \
"--with-mcrypt=/usr/local/libmcrypt" \
"--enable-soap" \
"--enable-gd-native-ttf" \
"--enable-ftp" \
"--enable-mbstring" \
"--enable-exif" \
"--disable-ipv6" \
"--disable-cgi" \
"--disable-cli"
# make
# make install
# mkdir /usr/local/php/etc
# cp php.ini-dist /usr/local/php/etc/php.ini