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使用conda安装EMBOSS
conda install embossseqret命令转化
seqret -feature -osformat2 gff3 -outseq chr01.gff chr01.gb这是一个java程序 我没有安装成功
最开始服务器上没有安装java，运行java命令的时候提示我
Command 'java' not found, but can be installed with:
apt install default-jre
apt install openjdk-11-jre-headless
apt install openjdk-8-jre-headless 不知道这三个有什么区别，然后使用命令apt install openjdk-8-jre-headless安装了第三个
需要安装biopython和bcbio-gff 直接使用pip安装
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple biopython
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple bcbio-gf脚本内容
import sys
from Bio import SeqIO
from BCBio import GFF
in_file = sys.argv[1]
out_file = sys.argv[2]
in_handle = open(in_file)
out_handle = open(out_file,'w')
GFF.write(SeqIO.parse(in_handle,'gb'),out_handle)
in_handle.close()
out_handle.close()使用方式
python convert_gb_to_gff3.py input.gb output.gff到此，相信大家对“java gb格式注释文件怎么转换成gff3注释文件格式”有了更深的了解，不妨来实际操作一番吧！这里是创新互联网站，更多相关内容可以进入相关频道进行查询，关注我们，继续学习！