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footprintDB数据库有什么用

小编给大家分享一下footprintDB数据库有什么用,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!

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对于转录因子而言,相关的信息有以下几种

  1. transcription factors

  2. DNA motifs

  3. DNA binding sites

  4. target genes

transcription factors表示转录因子的名称,对应的基因,家族,序列等基本信息,DNA motifs代表该转录因子结合区域的保守模式,DNA binding sites代表该转录因子实际的结合区域,target  genes代表转录因子调控的靶基因。

footprintDB是一个综合性的转录因子数据库,通过整合多个转录因子相关的数据库,最终构建出一个非冗余的数据集,在该数据库中,存储了transcription factors, DNA motifs, DNA binding sites3种信息。网址如如下

http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php

该数据库整合了以下19个数据库中的信息

  1. JASPAR

  2. CISBP

  3. 3D-footprint

  4. HT-SELEX2

  5. UniPROBE

  6. HOCOMOCO

  7. AthalianaCistrome

  8. HumanTF

  9. HumanTF2

  10. AthaMYB

  11. FlyZinFinger

  12. SMILE-seq

  13. ArabidopsisPBM

  14. Athamap

  15. DBTBS

  16. RegulonDB

  17. DrosophilaTF

  18. humanC2H2ZF-Chip

  19. EEADannot

每个数据库的版本,转录因子数量等统计信息详见以下链接

http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php?databases

数据库中的全部信息统计如下

footprintDB数据库有什么用

该数据提供了检索功能,可以检索transcription factors, DNA binding Motifs, DNA binding sites的信息,示意如下

footprintDB数据库有什么用

以转录因子FOXP2_HUMAN为例,结果如下

1. Transcription Factor

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包含了转录因子对应的基因,物种,蛋白编号,蛋白序列, 序列, motif, binding sites 等信息。

2. DNA Binding Motif

footprintDB数据库有什么用

包含了motif的编号,对应的物种,一致性序列,sequence logo, PSSM矩阵,binding  sites 等信息。

3. DNA binding Sites

footprintDB数据库有什么用

包含了结合位点的编号,序列,对应的motif和转录因子等信息。

除了检索功能外,该数据库还提供了motif compare的功能,输入一个motif的PSSM矩阵或者binding区域的序列,可以将该motif与数据库中已有的motif比对,确定是否为已知的motif, 示意如下

footprintDB数据库有什么用

这个功能运行时间会很久,建议提供邮箱,运行完毕后会将结果发送到与邮箱里。

通过footprinDB这种整合型的数据库,可以省去在多个数据库之间交叉检索的烦恼,提高检索效率,这种类型的数据库也是一个流行趋势。

以上是“footprintDB数据库有什么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注创新互联行业资讯频道!


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