如何使用GREAT对peak进行功能注释

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GREAT是一款peak区间进行基因注释的工具，除了给出peak对应的基因外，还集成了多种基因的功能分析，网址如下

http://great.stanford.edu/public/html/index.php

目前该在线工具只支持以下几个物种

1. Human

2. Mouse

3. Zebrafish

在使用时，还需要注意对应的基因组版本。用法比较简单，选择对应的基因组版本，然后上传对应的BED格式的peak文件即可，示意如下

结果展示如下，给出了peak关联基因的个数和TSS距离的频数分布柱状图

除此之外，还给出以下多种基因的功能分析

1. GO Molecular Function

2. GO Biological Process

3. GO Cellular Component

4. Mouse Phenotype

5. Human Phenotype

6. Disease Ontology

7. MsigDB Cancer neighborhood

8. Placenta Disorders

9. PANTHER Pathway

10. BioCyc Pathway

11. MsigDB Pathway

12. MGI Expression

13. MgisDB Perturbation

不同于传统的费舍尔精确检验，功能富集分析的p值是基于二项分布的计算得到的，计算过程如下所示

以GO中MF这一类别的功能注释为例，示意如下

通过GREAT可以方便的对peak关联的基因功能进行探究。

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