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Leucaenatrichandra线粒体基因组举例分析

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将路径改和数据替换为自己的以后运行脚本,遇到报错

[Pomgroup@localhost Pome_Mito_practice]$ bash Iternative_assembly_Pome_Mito.sh 
Iternative_assembly_Pome_Mito.sh: line 2: $'\r': command not found
Iternative_assembly_Pome_Mito.sh: line 4: syntax error near unexpected token `$'\r''
'ternative_assembly_Pome_Mito.sh: line 4: `

sed -i 's/\r$//' Iternative_assembly_Pome_Mito.sh

 脚本中用到的命令逐行解释
  • 首先是blasr比对 用法是
blasr nanopore.fastq reference.fasta --nproc 16 > blasr.out

  • 操作输出结果blasr.out
awk '{a=$8-$7;print $0,a;}' blastr.out
 

第8列减去第7列赋值给a并且将a添加到文件的最后一列

awk '{a=$8-$7;print $0,a;}' blastr.out | sort -n -r -k14,14
 

按照第14列倒叙排列

awk '{a=$8-$7;print $0,a;}' blastr.out | sort -n -r -k14,14 | awk '$14>500'
 

第14列大于500的行

awk '{a=$8-$7;print $0,a;}' blastr.out | sort -n -r -k14,14 | awk '$14>500' | cut -d ' ' -f1,1
 

以空格作为分隔符分割然后提取第一列 这样就得到了比对长度大于500的fastq的reads的id

grep -F -x -v -f
 

这行命令是干什么的还不知道

 根据id提取序列(fastq)
seqtk subseq nanopore.fasta  ids.txt > aligned.fastq
     canu组装
canu -p hehuan -d hehuan-oxford genomeSize=2000k -nanopore-raw aligned.fastq

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新闻标题:Leucaenatrichandra线粒体基因组举例分析
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